-
-
-
-
-
ID Target Gene Primer or Probes (5'-3') Length (bp) Assay use Reference T-RdRp F RdRp TAATACGACTCACTATAGGGACACCGTTTCTACAGG 300 Sample quantity control this study RdRp R CGCAGGTAAGCGTAAAACTCATCCAC RdRp qRT-F1 GGTCATGTGTGGCGGCTC RdRp qRT-R1 GCTGTAACAGCTTGACAAATGTTAAAG 100 Specimen confirmation RdRp probe a CTATATGTTAAACCAGGTGGAAC T-N F N TAATACGACTCACTATAGGGCTGACAATAACCAGGATG 482 Sample quantity control this study N R AGAAGAGGCTTGACTACCA N F1 GTGGTGGTGACGGCAAAATG N R1 AAGTGAAGCTTCTGGGCCAG 80 Specimen screening (Ge et al., 2013) N Probe a AAAGAGCTCAGCCCCAGATG Note: a: Probes were labeled at the 5′ end with the reporter molecule 6-carboxyfluorescein (6-FAM) and at the 3′ end with Black Hole Quencher 1 (BHQ1). Table S1. Primer and probe sequences used in this study.
-
Samples N RdRp Ct value (Mean of triplicates ± standard deviation) Copies/g Ct value (Mean of triplicates ± standard deviation) Copies/g 201110 3267 36.02 ± 1.05 1.18E + 07 31.48 ± 0.08 3.42E + 07 3262 26.92 ± 0.21 2.20E + 09 27.30 ± 0.58 5.05E + 08 3261 25.48 ± 0.11 5.04E + 09 30.77 ± 0.45 5.39E + 07 201205 3367 30.46 ± 0.45 5.77E + 08 31.74 ± 0.17 2.89E + 07 3371 36.09 ± 0.03 2.28E + 07 32.45 ± 0.49 1.82E + 07 3375 37.09 ± 0.05 1.28E + 07 31.86 ± 0.38 2.68E + 07 201209 4089 36.38 ± 0.32 1.93E + 07 31.77 ± 0.24 2.83E + 07 4079 34.32 ± 0.78 6.30E + 07 31.66 ± 0.11 3.03E + 07 4083 32.52 ± 0.28 1.76E + 08 31.76 ± 0.44 2.85E + 07 4090 30.87 ± 0.36 4.55E + 08 30.81 ± 0.32 5.27E + 07 4103 30.22 ± 0.4 6.63E + 08 30.52 ± 0.51 6.34E + 07 4080 28.58 ± 0.03 8.51E + 08 29.75 ± 0.08 1.04E + 08 4108 29.74 ± 0.28 8.71E + 08 30.98 ± 0.3 4.71E + 07 4097 29.53 ± 0.73 9.85E + 08 29.94 ± 0.25 9.19E + 07 4085 29.24 ± 0.28 1.16E + 09 30.96 ± 0.47 4.78E + 07 4087 28.86 ± 0.24 1.45E + 09 30.80 ± 0.4 5.28E + 07 4096 26.53 ± 0.57 5.52E + 09 27.99 ± 0.09 3.24E + 08 4084 26.48 ± 0.21 5.68E + 09 30.46 ± 0.48 6.60E + 07 4122 24.64 ± 0.15 1.63E + 10 26.92 ± 0.21 6.45E + 08 4091 24.55 ± 0.07 1.71E + 10 27.09 ± 0.23 5.79E + 08 4081 23.09 ± 0.15 1.99E + 10 23.22 ± 0.35 7.06E + 09 4110 24.25 ± 0.17 2.04E + 10 27.09 ± 0.13 5.79E + 08 4105 22.18 ± 0.2 6.68E + 10 24.37 ± 0.54 3.35E + 09 4075 18.33 ± 0.03 3.05E + 11 19.20 ± 0.31 9.43E + 10 4092 17.62 ± 0.09 4.58E + 11 18.28 ± 0.52 1.71E + 11 201304 4221 33.57 ± 0.7 2.83E + 07 34.52 ± 0.34 2.81E + 06 4249 32.91 ± 0.88 8.25E + 07 31.43 ± 0.51 2.05E + 07 4258 32.25 ± 0.46 1.21E + 08 30.75 ± 3.58 3.19E + 07 4224 30.56 ± 0.18 1.59E + 08 31.67 ± 0.63 1.76E + 07 4250 30.54 ± 0.12 1.61E + 08 32.03 ± 0.66 1.40E + 07 4255 31.24 ± 0.06 2.15E + 08 31.85 ± 0.03 1.57E + 07 4246 31.17 ± 0.57 2.24E + 08 30.97 ± 0.13 2.77E + 07 4254 30.99 ± 0.55 2.48E + 08 32.72 ± 0.41 8.92E + 06 4230 30.92 ± 0.48 2.59E + 08 30.03 ± 0.32 5.07E + 07 4213 30.75 ± 0.52 2.84E + 08 29.17 ± 0.45 8.81E + 07 4256 30.24 ± 0.27 3.82E + 08 29.38 ± 0.25 7.70E + 07 4228 29.96 ± 0.24 4.49E + 08 28.55 ± 0.92 1.31E + 08 4235 28.14 ± 0.08 1.27E + 09 28.09 ± 0.79 1.78E + 08 201110 3267 36.02 ± 1.05 1.18E + 07 31.48 ± 0.08 3.42E + 07 3262 26.92 ± 0.21 2.20E + 09 27.30 ± 0.58 5.05E + 08 3261 25.48 ± 0.11 5.04E + 09 30.77 ± 0.45 5.39E + 07 201205 3367 30.46 ± 0.45 5.77E + 08 31.74 ± 0.17 2.89E + 07 3371 36.09 ± 0.03 2.28E + 07 32.45 ± 0.49 1.82E + 07 3375 37.09 ± 0.05 1.28E + 07 31.86 ± 0.38 2.68E + 07 201209 4089 36.38 ± 0.32 1.93E + 07 31.77 ± 0.24 2.83E + 07 4079 34.32 ± 0.78 6.30E + 07 31.66 ± 0.11 3.03E + 07 4083 32.52 ± 0.28 1.76E + 08 31.76 ± 0.44 2.85E + 07 4090 30.87 ± 0.36 4.55E + 08 30.81 ± 0.32 5.27E + 07 4103 30.22 ± 0.4 6.63E + 08 30.52 ± 0.51 6.34E + 07 4080 28.58 ± 0.03 8.51E + 08 29.75 ± 0.08 1.04E + 08 4108 29.74 ± 0.28 8.71E + 08 30.98 ± 0.3 4.71E + 07 4097 29.53 ± 0.73 9.85E + 08 29.94 ± 0.25 9.19E + 07 4085 29.24 ± 0.28 1.16E + 09 30.96 ± 0.47 4.78E + 07 4087 28.86 ± 0.24 1.45E + 09 30.80 ± 0.4 5.28E + 07 4096 26.53 ± 0.57 5.52E + 09 27.99 ± 0.09 3.24E + 08 4084 26.48 ± 0.21 5.68E + 09 30.46 ± 0.48 6.60E + 07 4122 24.64 ± 0.15 1.63E + 10 26.92 ± 0.21 6.45E + 08 4091 24.55 ± 0.07 1.71E + 10 27.09 ± 0.23 5.79E + 08 4081 23.09 ± 0.15 1.99E + 10 23.22 ± 0.35 7.06E + 09 4110 24.25 ± 0.17 2.04E + 10 27.09 ± 0.13 5.79E + 08 4105 22.18 ± 0.2 6.68E + 10 24.37 ± 0.54 3.35E + 09 4075 18.33 ± 0.03 3.05E + 11 19.20 ± 0.31 9.43E + 10 4092 17.62 ± 0.09 4.58E + 11 18.28 ± 0.52 1.71E + 11 201304 4221 33.57 ± 0.7 2.83E + 07 34.52 ± 0.34 2.81E + 06 4249 32.91 ± 0.88 8.25E + 07 31.43 ± 0.51 2.05E + 07 4258 32.25 ± 0.46 1.21E + 08 30.75 ± 3.58 3.19E + 07 4224 30.56 ± 0.18 1.59E + 08 31.67 ± 0.63 1.76E + 07 4250 30.54 ± 0.12 1.61E + 08 32.03 ± 0.66 1.40E + 07 4255 31.24 ± 0.06 2.15E + 08 31.85 ± 0.03 1.57E + 07 4246 31.17 ± 0.57 2.24E + 08 30.97 ± 0.13 2.77E + 07 4254 30.99 ± 0.55 2.48E + 08 32.72 ± 0.41 8.92E + 06 4230 30.92 ± 0.48 2.59E + 08 30.03 ± 0.32 5.07E + 07 4213 30.75 ± 0.52 2.84E + 08 29.17 ± 0.45 8.81E + 07 4256 30.24 ± 0.27 3.82E + 08 29.38 ± 0.25 7.70E + 07 4228 29.96 ± 0.24 4.49E + 08 28.55 ± 0.92 1.31E + 08 4235 28.14 ± 0.08 1.27E + 09 28.09 ± 0.79 1.78E + 08 4247 27.71 ± 0.33 1.63E + 09 27.37 ± 0.63 2.82E + 08 4237 27.20 ± 0.93 2.18E + 09 26.55 ± 0.06 4.80E + 08 4231 23.04 ± 0.1 1.19E + 10 23.86 ± 0.56 2.71E + 09 201307 4872 35.43 ± 0.1 9.72E + 06 37.05 ± 0.73 5.48E + 05 4937 33.95 ± 0.02 4.54E + 07 34.03 ± 1.66 3.84E + 06 4834 32.51 ± 0.07 5.19E + 07 30.69 ± 0.91 3.32E + 07 4829 28.24 ± 0.42 1.20E + 09 29.12 ± 0.59 9.15E + 07 4952 26.35 ± 0.37 3.55E + 09 25.92 ± 0.05 7.19E + 08 4832 23.79 ± 0.78 1.55E + 10 24.78 ± 0.23 1.50E + 09 4841 22.56 ± 0.03 3.13E + 10 28.31 ± 0.65 1.54E + 08 4900 22.56 ± 0.41 3.13E + 10 22.24 ± 0.28 7.70E + 09 4943 22.38 ± 0.43 3.49E + 10 21.94 ± 0.31 9.36E + 09 201405 6530 33.94 ± 0.25 2.28E + 07 36.98 ± 0.67 5.75E + 05 6526 30.87 ± 0.63 2.66E + 08 29.56 ± 0.66 6.85E + 07 6500 30.73 ± 0.39 2.88E + 08 29.77 ± 0.98 6.01E + 07 201410 7335 36.75 ± 0.33 9.10E + 06 37.52 ± 0.5 2.03E + 05 7330 33.37 ± 0.52 6.32E + 07 33.05 ± 0.65 3.61E + 06 7327 27.56 ± 0.08 1.78E + 09 29.79 ± 0.19 2.95E + 07 7326 25.49 ± 0.09 5.85E + 09 27.08 ± 0.32 1.71E + 08 7325 36.02 ± 1.05 9.40E + 08 22.95 ± 0.14 2.51E + 10 Table S2. The SL-CoV concentration in individual bat fecal sample quantified by qRT-PCR assays.
Figure 4 个
Table 2 个
