基因组测序技术在猴痘病毒监测中的应用展望
猴痘（Mpox）是一种病毒性人畜共患病，通常表现出皮疹、发热、头痛、肌肉疼痛等症状，严重感染可导致死亡。长期以来，猴痘主要在非洲中西部国家流行，非洲以外少数国家也报道了零星病例。2022年5月以来，多个国家相继报告了大规模猴痘病毒感染病例。当前，世界卫生组织（WHO）已将本次疫情升级为国际关注的公共卫生事件。基因组测序结果显示，引起本次疫情的毒株较已报道毒株新产生了大量突变，被证实为猴痘病毒的新进化分支。临床采集及环境监测样本中猴痘病毒基因组测序对分子溯源和病毒变异监测预警等至关重要。然而，猴痘病毒基因组较大且具有末端串联重复等复杂特征，临床采集样本类型多样且病毒载量一般较低，给基因组测序工作带来极大挑战。为了更好地进行猴痘病毒基因组测序，本文综述了该领域最新研究进展，系统地总结了猴痘病毒基因组测序的主要步骤，基于获得基因组的质量对不同测序方案进行了横向比较。此外，我们还提出了多种适用于猴痘病毒的基因组富集或扩增的优化策略。本文将为猴痘病毒基因组测序方案制定提供帮助，有利于猴痘检测、监测预警和分子溯源工作的顺利开展。
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PLX8394,一种RAF抑制剂，通过阻断RAF/MEK/ERK信号通路抑制肠病毒71复制
肠病毒71型（EV71）长期在世界各地零星暴发与流行，仍然对人类健康构成严重威胁。目前仅有几种针对EV71部分亚型的疫苗，但没有特效治疗EV71感染的药物。因此，开发抗EV71病毒的药物是迫切需要的。在这里，我们发现一种RAF抑制剂——PLX8394，在体外对EV71具有较高的抗病毒活性，优于传统的临床药物利巴韦林。此外，PLX8394对肠道病毒表现出广谱抗病毒活性。更值得注意的是，在乳鼠模型中，PLX8394对EV71感染小鼠的保护率达到70%，降低了肝脏和心脏组织中的病毒载量，缓解脏器的炎症反应。相关机制研究表明，PLX8394是通过抑制RAF/MEK/ERK信号通路抑制EV71复制。因此，PLX8394抗病毒作用的发现为开发抗EV71新药奠定了基础。
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Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in Central, Eastern, and South-eastern Asia
Crimean-Congo hemorrhagic fever (CCHF), caused by Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV), is endemic in Africa, Asia, and Europe, but CCHF epidemiology and epizootiology is only rudimentarily defined for most regions. Here we summarize what is known about CCHF in Central, Eastern, and South-eastern Asia. Searching multiple international and country-specific databases using a One Health approach, we defined disease risk and burden through identification of CCHF cases, anti-CCHFV antibody prevalence, and CCHFV isolation from vector ticks. We identified 2313 CCHF cases that occurred in 1944–2021 in the three examined regions. Central Asian countries reported the majority of cases (2,026). In Eastern Asia, China was the only country that reported CCHF cases (287). In South-eastern Asia, no cases were reported. Next, we leveraged our previously established classification scheme to assign countries to five CCHF evidence levels. Six countries (China, Kazakhstan, Kyrgyzstan, Tajikistan, Turkmenistan, and Uzbekistan) were assigned to level 1 or level 2 based on CCHF case reports and the maturity of the countries’ surveillance systems. Two countries (Mongolia and Myanmar) were assigned to level 3 due to evidence of CCHFV circulation in the absence of reported CCHF cases. Thirteen countries in Eastern and South-eastern Asia were categorized in levels 4 and 5 based on prevalence of CCHFV vector ticks. Collectively, this paper describes the past and present status of CCHF reporting to inform international and local public-health agencies to strengthen or establish CCHFV surveillance systems and address shortcomings.
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阴道真核病毒组变化与不同的宫颈疾病状态相关
病毒是人体的重要组成部分，越来越多的证据表明，病毒可参与宿主的生理和疾病状态。尽管阴道细菌微生物组与人乳头瘤病毒（HPV）感染和宫颈癌（CC）进展有关，但对于阴道中病毒组的作用知之甚少。在这项初步的探索研究中，我们利用无偏的病毒宏基因组方法，研究了具有不同程度宫颈病变的女性的阴道真核病毒组，并分析它们与不同宫颈疾病状态的相关性。在具有不同程度宫颈病变和乳酸杆菌组成的阴道样本中观察到了不同的真核病毒组。指环病毒和乳头瘤病毒是阴道病毒组中最常见的真核病毒。更高丰度和多样性的指环病毒以及乳头瘤病毒与低级别鳞状上皮内病变（LSIL）和宫颈癌相关。此外我们也发现，较高的指环病毒丰度与乳酸菌的缺失以及和乳酸杆菌群落类型（CST IV）相关。在宫颈病变严重程度从LSIL到CC的过程中，我们发现了逐渐增加的指环病毒和乳头瘤病毒之间的相关性。这些数据表明不同微生物以及宿主生理状态之间存在的潜在相互作用关系。LSIL和CC具有更高丰度和多样性的指环病毒和乳头瘤病毒类群，暗示了这些病毒类群可作为预测HPV持续感染或者宫颈癌风险的潜在辅助生物标志物。该研究也表明，未来需要重点关注指环病毒的丰度与宫颈疾病之间的临床相关性，并评估它们作为预测宫颈癌发展的辅助生物标志物的潜力。
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SARS-CoV-2 Omicron及其亚系的体液和细胞免疫逃避
The recently discovered SARS-CoV-2 variant Omicron (B.1.1.529) has rapidly become a global public health issue. The substantial mutations in the spike protein in this new variant have raised concerns about its ability to escape from pre-existing immunity established by natural infection or vaccination. In this review, we give a summary of current knowledge concerning the antibody evasion properties of Omicron and its subvariants (BA.2, BA.2.12.1, BA.4/5, and BA.2.75) from therapeutic monoclonal antibodies and the sera of SARS-CoV-2 vaccine recipients or convalescent patients. We also summarize whether vaccine-induced cellular immunity (memory B cell and T cell response) can recognize Omicron specifically. In brief, the Omicron variants demonstrated remarkable antibody evasion, with even more striking antibody escape seen in the Omicron BA.4 and BA.5 sub-lineages. Luckily, the third booster vaccine dose significantly increased the neutralizing antibodies titers, and the vaccine-induced cellular response remains conserved and provides second-line defense against the Omicron.
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OGG1小分子抑制剂对ASFV复制的影响
非洲猪瘟病毒（ASFV）是一种重要的病原体，感染猪后会引起具有高度传染性和致命性的疫病，目前国内尚无有效疫苗和治疗药物可用。8-oxoguanine DNA糖基化酶1（OGG1），是切除氧化碱基损伤8-oxo-7，8-二氢鸟嘌呤（8-oxoG）的重要DNA修复酶，已被证实参与有些病毒感染的发病机制。然而，OGG1-BER （碱基切除修复）在ASFV感染中的作用还未得到证实。本研究旨在验证ASFV感染宿主后胞内活性氧（ROS），8-oxoG和OGG1的变化，并分析OGG1在ASFV感染中的作用。研究发现ASFV感染可引起ROS和8-oxoG的升高和动态变化，并导致OGG1的表达改变。用OGG1的小分子抑制剂TH5487和SU0268处理感染ASFV的猪肺泡巨噬细胞（PAM）后，发现病毒转录水平、翻译水平以及病毒产量明显下降。ASFV的BER通路相关蛋白表达在药物处理后也被抑制。此外，在ASFV感染过程中，OGG1可与病毒MGF360-14L蛋白相互作用并影响干扰素β（IFN-β）的产生。利用TH5487和SU0268小分子化合物或小RNA干扰抑制OGG1后可上调IFN-β的转录，进而影响ASFV的复制。以上结果显示，OGG1在病毒感染中起着至关重要的作用，OGG1抑制剂SU0268和TH5487可作为抗ASFV感染的预防性药物用于进一步研究。
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Protection from infection or disease? Re-evaluating the broad immunogenicity of inactivated SARS-CoV-2 vaccines
How do we measure vaccine efficacy? The strictest but also easiest parameter to determine vaccine efficacy is its ability to block infection. Indeed, if a vaccine is able to block infection, this necessarily follows that it will also prevent both disease development and viral transmission. As a consequence, antibodies, specifically neutralising antibodies, have been used as the “gold standard” correlate of protection to measure SARS-CoV-2 vaccine efficacy, given their ability to block infection. Since SARS-CoV-2 infects cells by the binding of its spike protein to the host ACE-2 receptor, a vaccine that is able to induce a large quantity of antibodies able to block the interaction between the ACE-2 receptor and spike protein should theoretically be highly efficacious. Given this “antibody-centric” method of evaluating of a vaccine, it is clear why spike mRNA vaccines have to date been regarded the most effective COVID-19 vaccine in the market.
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从基因组平衡角度重新探讨甲型流感病毒的生命周期
甲型流感病毒（influenza A virus，IAV）基因组由八节段负义单链RNA组成，其复制调控机制复杂而精密，以维持动态的微平衡。本文综述了IAV基因组平衡对于病毒生命周期的重要意义，包括病毒血凝素（hemagglutin）-神经氨酸酶（Neuraminidase）的功能平衡、病毒聚合酶对于病毒RNA复制和转录的平衡调控、病毒基因组八节段复制过程中的竞争性平衡、病毒蛋白表达谱的平衡调控以及病毒包装过程中高度选择装配和随机装配的平衡。进一步，本文总结了病毒进化过程中的“平衡回归”现象，并提出病毒基因组人工修饰的“平衡补偿”策略。本综述从基因组平衡的角度重新探讨IAV的复制周期，一方面深化了对于IAV生活周期的认知，另一方面对于基础病毒学和应用病毒学研究具有重要的启发。
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转录组分析显示克里米亚刚果出血热病毒调控的关键细胞过程及III型干扰素的抗病毒作用
克里米亚刚果出血热病毒（Crimean-Congo hemorrhagic fever virus，CCHFV）属于生物安全四级（biosafety level-4，BSL-4）病毒，其感染会引起以出血热症状、多器官功能衰竭及高死亡率为特点的克里米亚刚果出血热（Crimean-Congo hemorrhagic fever，CCHF），该病毒对人类公共健康造成了极大的威胁。近年来有关CCHFV研究的报道逐渐增多，但其感染调控的宿主响应的特征还有待进一步探索。为全面深入了解CCHFV感染对宿主的影响，本研究利用高通量RNA测序技术（high-throughput RNA sequencing，RNA-seq）对CCHFV感染人肾细胞（293）的转录组学进行了分析。结果表明，在293细胞中，CCHFV的感染可导致496个基因的差异表达，其中上调表达基因361个，下调表达基因135个。进一步生物信息学分析发现，差异表达基因所涉及的生物学进程主要包括宿主防御响应，应激响应，病毒调节，免疫反应，代谢、应激、凋亡及蛋白分解等相关过程，其中以III型干扰素信号通路相关基因及内质网（ER）应激响应相关的基因上调最为显著。RT-qPCR验证试验得到了与RNA-seq相似的结果，强烈暗示III型干扰素响应等过程在病毒感染中可能具有关键调控作用。而且功能试验分析发现III型干扰素即便在低浓度作用时亦具有明显的抗CCHFV复制活性。本研究结果为全面了解CCHFV与宿主的相互作用提供了新的基础与依据，可能对CCHFV的预防和治疗工作具有指导意义。
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首发精神分裂症中，驯化的人内源性逆转录病毒W家族包膜蛋白（HERV-W env)通过降低5-羟色胺受体4的水平激活小电导钙激活钾离子通道亚家族N成员2
人内源性逆转录病毒W家族包膜蛋白（HERV-W env）基因位于染色体7q21-22上。前期研究表明，HERV-W env在精神分裂症患者中高表达，HERV-W env过表达可增加钙内流。此外，5-HTergic系统，特别是5-羟色胺（5-HT）受体在精神分裂症的发病和治疗中发挥着重要的作用。5-羟色胺受体4（5-HT4R）激动剂可阻断钙通道。然而，HERV-W env和5-HT4R在精神分裂症病因学中的潜在关系尚未揭示。本研究采用酶联免疫吸附法检测精神分裂症患者血浆中HERV-W env和5-HT4R的浓度，发现精神分裂症患者血浆中5-HT4R水平降低，5-HT4R与HERV-W env呈负相关。HERV-W env过表达可降低5-HT4R的转录水平和蛋白水平，但增加了小电导钙活化钾离子通道2（SK2）的表达水平。进一步研究表明HERV-W env可与5-HT4R相互作用。荧光素酶实验表明，在SK2启动子上从转录起始位点-364到-176的区域，对HERV-W env诱导的SK2表达是必需的。重要的是，5-HT4R参与了SK2表达和启动子活性的调控。电生理记录表明HERV-W env可增加SK2通道电流，5-HT4R可抑制SK2通道电流的增加。综上所述，HERV-W env可通过降低5-HT4R的表达，从而激活SK2通道，这可能是HERV-W env影响精神分裂症神经元活性的一种新的机制。
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中国310例omicron变异株患者的临床特征及与Delta、Beta变异株患者的比较
尽管新型冠状病毒的Omicron变异株开始在中国传播，但关于感染患者临床特征的数据有限。
本研究收集并分析了天津市海河医院收治的310例Omicron变异株患者的人口统计学、临床特征和实验室数据。研究将这些患者的数据与在哈尔滨2019年新型冠状病毒病爆发期间的96名Delta变异株患者和326名Beta变异株患者分别进行了比较。
在感染Omicron变体的310名患者中，中位年龄为35岁。大多数患者临床分类为轻型（57.74%），最常见的症状为咳嗽（48.71%）、发热（39.35%）和咽痛（38.26%）。Omicron组不同疫苗接种组的结果显示，接种2剂或3剂后“SARS-CoV-2特异性IgG”的中位数高于未接种组（P<0.05）。根据临床分类，年龄较大的中度病例比例较高，无症状和轻型病例的比例较低。与Delta和Beta组相比，Omicron组的中位年龄更年轻；Omicron病毒组的无症状患者和轻型患者总数高于Delta和Beta组（60.97% vs.54.17% vs.47.55%）。
本研究展示了中国天津市第一组感染Omicron变异体患者的临床特征，并将其临床特征与感染Delta和Beta变异株的患者进行了比较，这将增加我们对奥密克戎变异株的认识。
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本研究收集并分析了天津市海河医院收治的310例Omicron变异株患者的人口统计学、临床特征和实验室数据。研究将这些患者的数据与在哈尔滨2019年新型冠状病毒病爆发期间的96名Delta变异株患者和326名Beta变异株患者分别进行了比较。
在感染Omicron变体的310名患者中，中位年龄为35岁。大多数患者临床分类为轻型（57.74%），最常见的症状为咳嗽（48.71%）、发热（39.35%）和咽痛（38.26%）。Omicron组不同疫苗接种组的结果显示，接种2剂或3剂后“SARS-CoV-2特异性IgG”的中位数高于未接种组（P<0.05）。根据临床分类，年龄较大的中度病例比例较高，无症状和轻型病例的比例较低。与Delta和Beta组相比，Omicron组的中位年龄更年轻；Omicron病毒组的无症状患者和轻型患者总数高于Delta和Beta组（60.97% vs.54.17% vs.47.55%）。
本研究展示了中国天津市第一组感染Omicron变异体患者的临床特征，并将其临床特征与感染Delta和Beta变异株的患者进行了比较，这将增加我们对奥密克戎变异株的认识。
口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）对中国婴儿的有效性、安全性和免疫原性研究
方法：口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）在中国6400名6-12周龄婴儿中开展了多中心有效性、安全性和免疫原性临床研究，研究采用随机、安慰剂双盲法进行，分别有3200名婴儿随机分配到疫苗组和安慰剂组接受3剂口服疫苗，每剂间隔4周，全程接种14天后连续观察2个轮状病毒流行季，评价疫苗对轮状病毒所致胃肠炎的保护性；观察每剂接种后30天的不良事件以及整个研究期间的严重不良事件。
结果：口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）对疫苗所含血清型的轮状病毒所致胃肠炎、严重胃肠炎、因胃肠炎而住院的保护率分别为69.21%、91.36%、89.21%；该疫苗对自然感染的任何血清型轮状病毒所致胃肠炎、严重胃肠炎、因胃肠炎而住院的保护率分别为62.88%、85.51%、83.68%；疫苗组与安慰剂组婴儿接种后30天的不良事件发生率相当，研究期间疫苗组与安慰剂组婴儿严重不良事件发生率没有显著性差异。
结论：口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）对中国婴儿具有良好的保护效果，且耐受性和安全性良好。
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结果：口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）对疫苗所含血清型的轮状病毒所致胃肠炎、严重胃肠炎、因胃肠炎而住院的保护率分别为69.21%、91.36%、89.21%；该疫苗对自然感染的任何血清型轮状病毒所致胃肠炎、严重胃肠炎、因胃肠炎而住院的保护率分别为62.88%、85.51%、83.68%；疫苗组与安慰剂组婴儿接种后30天的不良事件发生率相当，研究期间疫苗组与安慰剂组婴儿严重不良事件发生率没有显著性差异。
结论：口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）对中国婴儿具有良好的保护效果，且耐受性和安全性良好。
猴痘病毒:对人类的再度威胁
人猴痘（MPX）是一种罕见的人畜共患传染病，具有类似天花的体征和症状。它是由猴痘病毒（MPXV）引起的，这是一种双链DNA病毒，属于正痘病毒属。MPX最早于1970年被发现，过去主要盛行于中非和西非的农村雨林。在非洲以外，英国、美国、以色列和新加坡也有MPX的报告。2022年，MPX病毒在欧洲和其他地方的重新流行对人类构成了潜在威胁。MPXV通过动物-人或人-人的途径传播，MPXV感染的症状与天花相似，但形式较温和，死亡率较低（1%至10%）。尽管天花疫苗已被证明对MPXV感染提供85%的保护，两种抗天花病毒药物已被批准用于治疗MPXV，但仍然没有针对MPXV感染的特异性疫苗和药物。因此，迫切需要采取积极的措施，包括采用新的抗MPXV策略来控制MPXV的传播，预防MPX的流行。在此，我们总结了MPXV的生物学特征、流行病学、致病性、实验室诊断及防治策略等方面。这一综述为预防和控制这种新出现的感染的未来爆发提供了基础知识。
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FoxJ1抑制非洲猪瘟病毒复制且病毒蛋白S273R下调FoxJ1的表达以削弱其抗病毒作用
非洲猪瘟（ASF）是由非洲猪瘟病毒（ASFV）感染家猪和野猪引起的的高致病性烈性传染病，给养猪业造成了巨大经济损失，严重威胁着全球粮食安全和养殖业发展。迄今为止，还未有针对非洲猪瘟的安全有效的商品化疫苗。因此，揭示ASFV与宿主的相互作用机制对于开发有效的ASFV疫苗和抗病毒药物至关重要。本研究通过RNA-seq技术、RT-qPCR和Western blotting分析发现，ASFV感染猪原代肺泡巨噬细胞后，宿主因子FoxJ1的转录和蛋白水平均显著下调。进一步研究发现，过表达FoxJ1可上调poly （dA：dT）诱导的I型干扰素和干扰素刺激基因（ISGs）转录，促进天然免疫应答，抑制ASFV的复制。此外，FoxJ1通过自噬途径降解ASFV MGF505-2R和E165R蛋白；而ASFV S273R能够抑制FoxJ1的表达。综上所述，我们发现FoxJ1具有抑制ASFV复制的功能，且ASFV S273R蛋白通过抑制FoxJ1表达，拮抗FoxJ1介导的抗病毒作用。本研究拓宽了对FoxJ1的抗病毒功能的认知，为ASFV抗病毒药物或疫苗的设计研发提供理论依据。
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逆转运复合体和分选连接蛋白在病毒生命周期中的作用
逆转录复合物和分选连接蛋白（SNX）将货物从内体运输到跨高尔基网络或质膜，最近的研究揭示了逆转录复合物和SNX在病毒生命周期中的作用，包括冠状病毒科、黄病毒科和逆转录病毒科。逆转录复合物/SNX的关键成分，如Vps35、Vps26、SNX5和SNX27，可以影响病毒生命周期的多个步骤，包括促进病毒进入细胞、参与病毒复制和促进病毒粒子的组装。在这里，我们对逆转录复合物/SNX与病毒之间的相互作用进行了全面更新的回顾，这将为控制病毒感染提供机制见解。
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优先发表栏目展示本刊经同行评议确定正式录用的文章，这些文章目前处在编校过程，尚未确定卷期及页码，但可以根据DOI进行引用。
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2023, 38(2): 171-183.
doi: 10.1016/j.virs.2023.01.001
收稿日期: 2022-08-26
录用日期: 2023-01-03
出版日期: 2023-01-18
Crimean-Congo hemorrhagic fever (CCHF), caused by Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV), is endemic in Africa, Asia, and Europe, but CCHF epidemiology and epizootiology is only rudimentarily defined for most regions. Here we summarize what is known about CCHF in Central, Eastern, and South-eastern Asia. Searching multiple international and country-specific databases using a One Health approach, we defined disease risk and burden through identification of CCHF cases, anti-CCHFV antibody prevalence, and CCHFV isolation from vector ticks. We identified 2313 CCHF cases that occurred in 1944–2021 in the three examined regions. Central Asian countries reported the majority of cases (2,026). In Eastern Asia, China was the only country that reported CCHF cases (287). In South-eastern Asia, no cases were reported. Next, we leveraged our previously established classification scheme to assign countries to five CCHF evidence levels. Six countries (China, Kazakhstan, Kyrgyzstan, Tajikistan, Turkmenistan, and Uzbekistan) were assigned to level 1 or level 2 based on CCHF case reports and the maturity of the countries’ surveillance systems. Two countries (Mongolia and Myanmar) were assigned to level 3 due to evidence of CCHFV circulation in the absence of reported CCHF cases. Thirteen countries in Eastern and South-eastern Asia were categorized in levels 4 and 5 based on prevalence of CCHFV vector ticks. Collectively, this paper describes the past and present status of CCHF reporting to inform international and local public-health agencies to strengthen or establish CCHFV surveillance systems and address shortcomings.
2023, 38(2): 184-197.
doi: 10.1016/j.virs.2022.12.004
收稿日期: 2022-09-06
录用日期: 2022-12-14
出版日期: 2022-12-21
病毒是人体的重要组成部分，越来越多的证据表明，病毒可参与宿主的生理和疾病状态。尽管阴道细菌微生物组与人乳头瘤病毒（HPV）感染和宫颈癌（CC）进展有关，但对于阴道中病毒组的作用知之甚少。在这项初步的探索研究中，我们利用无偏的病毒宏基因组方法，研究了具有不同程度宫颈病变的女性的阴道真核病毒组，并分析它们与不同宫颈疾病状态的相关性。在具有不同程度宫颈病变和乳酸杆菌组成的阴道样本中观察到了不同的真核病毒组。指环病毒和乳头瘤病毒是阴道病毒组中最常见的真核病毒。更高丰度和多样性的指环病毒以及乳头瘤病毒与低级别鳞状上皮内病变（LSIL）和宫颈癌相关。此外我们也发现，较高的指环病毒丰度与乳酸菌的缺失以及和乳酸杆菌群落类型（CST IV）相关。在宫颈病变严重程度从LSIL到CC的过程中，我们发现了逐渐增加的指环病毒和乳头瘤病毒之间的相关性。这些数据表明不同微生物以及宿主生理状态之间存在的潜在相互作用关系。LSIL和CC具有更高丰度和多样性的指环病毒和乳头瘤病毒类群，暗示了这些病毒类群可作为预测HPV持续感染或者宫颈癌风险的潜在辅助生物标志物。该研究也表明，未来需要重点关注指环病毒的丰度与宫颈疾病之间的临床相关性，并评估它们作为预测宫颈癌发展的辅助生物标志物的潜力。
2023, 38(2): 198-207.
doi: 10.1016/j.virs.2023.01.002
收稿日期: 2022-05-22
录用日期: 2022-11-14
出版日期: 2023-01-14
许多副黏病毒会导致各种轻微至严重的人类和动物疾病。由于过去几十年的新发现，感染世界各地不同宿主的副黏病毒科现包含4个亚科，17个已分类属，共78个病毒种。然而，在中国大陆尚没有对蝙蝠副黏病毒的系统研究。本研究收集了54种蝙蝠，共13064份样本，并进行了全面的副黏病毒调查，从七个省的22种蝙蝠中验证得到了94条新的基因组序列，以Jeilongvirus属为主。贝叶斯系统动力学和系统发育分析表明，Jeilongvirus属有4个不同的谱系。根据现有的有限数据，宿主及地域转换的结果显示蝙蝠群体偏向于内部流动，而啮齿动物群体更倾向于向外输出。猫科动物和刺猬很有可能是中间宿主，但是由黄蝠属的蝙蝠传入获得而并非是由啮齿动物。从进化趋势来看，Jeilongvirus属可能起源于澳洲的Mus属的啮齿动物，然后传播给非洲、亚洲及欧洲的蝙蝠和啮齿动物，最后传播给美洲的蝙蝠和啮齿动物。
2023, 38(2): 208-221.
doi: 10.1016/j.virs.2023.02.001
收稿日期: 2022-04-26
录用日期: 2023-02-08
出版日期: 2023-02-11
蜱被认为是仅次于蚊子的第二大最常见的病原体载体，.2017年至2018年于河北，河南，湖北，云南，甘肃，陕西，青海，新疆和上海12个省和直辖市采集了640只蜱虫（内含H.longicornis，De.everestianus，Rh.microplus，Rh.turanicus，Rh.sanguineous，and Hy.asiaticum 6大蜱种），采集时间跨度大，地域范围广。寄生蜱虫宿主包括羊、牛、犬、鸡、骆驼等，宿主多样化且具有广泛性与代表性。蜱虫根据采集时间、地点、蜱种分成64组，并构建相应的蜱虫文库，利用MiSeq Illumina平台进行测序，测序数据总量为13.44 G，其中2，437，941条reads被确定为病毒reads。从所有文库中我们发现了27个近乎完整的基因组序列，包括编码整个蛋白质编码区（缺少3'或5'端非编码区）的16个基因组序列和完整的病毒基因组，分布在蜱媒病毒家族（Chuviridae，rhabdovirdae，nairovirdae，phenuivirdae，flavivirdae，Iflaviridae）以及引起哺乳动物甚至人类疾病的细小病毒科和多瘤病毒科。此外，在Chuviridae，Nairoviridae，Flaviviridae，Iflaviridae，Hepeviridae，Parvoviridae和Polyomaviridae中发现的13个病毒序列被确定为已知病毒属中的新病毒种。另外一项流行病学调查显示，蜱媒病毒中两种细小病毒（OVPV4和BVPV2）的流行率较高（9.38%和15.63%）。
2023, 38(2): 222-232.
doi: 10.1016/j.virs.2022.12.005
收稿日期: 2022-08-16
录用日期: 2022-12-09
出版日期: 2022-12-23
寨卡病毒（ZIKV）是一种正义单链RNA病毒，可导致胎儿先天性小头畸形和成人格林-巴利综合征。ZIKV非结构蛋白NS5是一种对病毒复制至关重要的蛋白，它参与逃逸宿主干扰素（IFN）应答，然而确切机制仍不清楚。在本研究中，我们采用pull down联合LC-MS/MS分析，发现剪接因子SF3B3与NS5存在相互作用。功能实验结果表明，SF3B3过表达可增加STAT3的磷酸化，促进IFN刺激基因（ISG）表达，抑制ZIKV复制；而SF3B3沉默则减少STAT3的磷酸化，抑制ISG的表达以促进ZIKV复制。GTP环化水解酶I（GCH1）是四氢生物蝶呤（BH4）生物合成的第一个限速酶，有报道显示GCH1可抑制免疫引发免疫逃逸，本研究发现NS5可上调GCH1的表达，且GCH1通过IFN途径促进ZIKV复制。此外，GCH1表达与SF3B3可能存在关联，其表达受SF3B3负调控，SF3B3过表达能够有效地降低GCH1蛋白水平，而SF3B3敲低则增加了GCH1蛋白水平，这可能与SF3B3表达下调抑制GCH1的降解有关。这些发现表明，ZIKV NS5结合蛋白SF3B3调节GCH1的表达通过IFN途径助于宿主对ZIKV的免疫应答。
2023, 38(2): 233-243.
doi: 10.1016/j.virs.2022.12.008
收稿日期: 2022-09-16
录用日期: 2022-12-30
出版日期: 2023-01-02
同源性加强免疫、异源性加强免疫、和奥秘克柔病毒株突破感染均可有效地诱导机体产生奥秘克柔病毒特异性抗体。但，有关奥秘克柔病毒株特异性记忆B细胞和T细胞免疫仍未知。在此，对比分析表明Ad5-nCoV加强免疫诱导的原始病毒株、德尔塔和奥秘克柔病毒株特异性抗体和T细胞免疫水平和奥秘克柔病毒株突破感染相当，但高于同源性灭活疫苗加强免疫。然而，奥秘克柔病毒株特异性记忆B细胞免疫在奥秘克柔病毒株突破感染患者体内水平最高，依次为Ad5-nCoV加强免疫和同源性灭活疫苗加强免疫。与同源性加强免疫相比，奥秘克柔病毒株突破感染和Ad5-nCoV加强免疫诱导的传统性记忆B细胞和激活性记忆B细胞水平较高，而初始记忆B细胞和非典型记忆B细胞水平较低。总之，奥秘克柔病毒株突破感染诱导机体产生的奥秘克柔病毒株特异性记忆性B细胞和T细胞免疫水平明显高于同源性加强免疫和异源性加强免疫。
2023, 38(2): 244-256.
doi: 10.1016/j.virs.2022.12.006
收稿日期: 2022-09-12
录用日期: 2022-12-26
出版日期: 2022-12-29
研究表明SARS-CoV-2可以感染多种动物，并可能在动物之间传播，甚至传播给人类，对人和动物健康构成威胁。迫切需要开发廉价、高效的动物疫苗来预防和控制SARS-CoV-2在动物中的传播与流行。狂犬病病毒（RABV）是另一种重要的人兽共患病原体，几乎感染所有温血动物，对公共卫生安全构成巨大威胁。本研究基于RABV SRV9株的反向遗传系统构建了分别嵌合表达SARS-CoV-2 Wuhan01株S1和RBD蛋白的重组狂犬病病毒SRV-nCoV-S1和SRV-nCoV-RBD，并对其在小鼠、猫和犬体内的免疫原性进行了评价。结果表明，两种灭活重组病毒均能诱导小鼠产生抗SARS-CoV-2和RABV的中和抗体，并诱导机体产生强烈的细胞免疫应答。值得注意的是，灭活SRV-nCoV-RBD比SRV-nCoV-S1能更早地诱导抗体产生，并使抗体在较长时间内保持在高水平。进一步研究表明，灭活SRV-nCoV-RBD在猫和犬体内诱导了抗SARS-CoV-2和RABV的特异性中和抗体，对包括Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron在内的SARS-CoV-2变异株假病毒具有相对广谱的交叉中和能力，具有成为一种安全有效的动物用COVID-19和狂犬病二联候选疫苗的潜力。
2023, 38(2): 257-267.
doi: 10.1016/j.virs.2022.12.007
收稿日期: 2022-11-20
录用日期: 2022-12-29
出版日期: 2022-12-31
中和单克隆抗体（mAb）是治疗新冠病毒感染的主要治疗策略之一。全球范围内新冠病毒变异株的不断涌现增加了开发新型单克隆抗体的紧迫性。在这项研究中，我们用新冠病毒原型株（WIV04）的受体结合域（RBD）对小鼠进行了免疫接种，并使用杂交瘤技术筛选了35株RBD特异性mAb。噬斑减少中和试验结果显示，其中25株mAb能够有效中和WIV04毒株。我们采用竞争性ELISA将25株mAb分为了三类。从每个类别中选择一株具有代表性的mAb，测定它们对于WIV04及两种变异株B.1.351（Beta）和B.1.617.2（Delta）的结合动力学和半数抑制浓度（IC50）。实验结果显示，RD4中和了Delta变异株，其IC50为2.67 ng/mL；然而，它对Beta变异株的中和活性完全丧失。RD10对两种变异株均有中和作用，其IC50超过100 ng/mL；RD14则需更高的IC50（>1 mg/mL）中和两种变异株。在动物实验中，25 mg/kg RD4能够有效保护Delta变异株感染的小鼠，而75 mg/kg RD10可保护Beta变异株感染的小鼠。这些实验结果证明了这些中和性单克隆抗体未来的应用潜力。
2023, 38(2): 268-275.
doi: 10.1016/j.virs.2022.11.004
收稿日期: 2022-07-20
录用日期: 2022-11-07
出版日期: 2022-11-10
手足口病（HFMD）属于亚太地区重要公共卫生问题之一。手足口病病原学诊断的最佳标本尚不清楚。以病例的恢复期血清中肠病毒A71 （EV-A71）特异性中和抗体滴度较急性期有4倍及以上增长为参考标准，计算常用实验室诊断方法（RT-PCR或ELISA法）对咽拭子、肛拭子、粪便、血液标本和脑脊液标本检测结果的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值。本研究共纳入了276例HFMD住院病例的临床标本。结果显示，经RT-PCR检测的粪便的灵敏度（88.4%，95% CI：74%-%-96%）以及与参考标准诊断结果的一致性（91%）最高。不同类型临床标本诊断EV-A71感染的价值依次为粪便标本≥肛拭子>咽拭子>血液标本>脑脊液，不同类型临床标本联合进行肠道病毒检测可提高了检测结果的灵敏度。无菌部位标本通过ELISA方法检测标本中的IgM抗体的灵敏度显著高于RT-PCR的病毒核酸检测结果（血清/血浆：62%vs. 2%，脑脊液：47%vs. 0%）（P < 0.002）。总之，本研究结果表明粪便是EV-A71感染所致HFMD诊断中具有最高诊断价值的标本。如果无法获得粪便标本，可以用肛拭子代替以达到类似的诊断效果。此外，咽拭子可能有助于阳性样本的检测。尽管采用ELISA法检测血液标本或脑脊液中的IgM也可准确诊断，但该方法灵敏度较低，漏诊率为40%-50%。本研究还证实标本采集时间与发病时间间隔越短以及重症病例比例越高，常用实验室诊断方法的检测结果与参考标准诊断结果的一致性更高。
2023, 38(2): 276-284.
doi: 10.1016/j.virs.2023.01.006
收稿日期: 2022-10-10
录用日期: 2023-01-13
出版日期: 2023-01-18
肠病毒71型（EV71）长期在世界各地零星暴发与流行，仍然对人类健康构成严重威胁。目前仅有几种针对EV71部分亚型的疫苗，但没有特效治疗EV71感染的药物。因此，开发抗EV71病毒的药物是迫切需要的。在这里，我们发现一种RAF抑制剂——PLX8394，在体外对EV71具有较高的抗病毒活性，优于传统的临床药物利巴韦林。此外，PLX8394对肠道病毒表现出广谱抗病毒活性。更值得注意的是，在乳鼠模型中，PLX8394对EV71感染小鼠的保护率达到70%，降低了肝脏和心脏组织中的病毒载量，缓解脏器的炎症反应。相关机制研究表明，PLX8394是通过抑制RAF/MEK/ERK信号通路抑制EV71复制。因此，PLX8394抗病毒作用的发现为开发抗EV71新药奠定了基础。
2023, 38(2): 285-295.
doi: 10.1016/j.virs.2023.01.003
收稿日期: 2022-08-30
录用日期: 2023-01-11
出版日期: 2023-01-16
表达HIV特异性嵌合抗原受体（CAR）的T细胞已经被开发出来靶向表达HIV Env蛋白的HIV-1感染的CD4阳性T细胞。然而，T细胞耗竭与CAR-T细胞的患者特异性自体模式是其临床应用的重要障碍。本文中，我们使用人外周血单核细胞和3BNC117-E27（3BE）CAR构建了特异性抗HIV的CAR-T细胞，该细胞可以同时表达程序性细胞凋亡蛋白1（PD-1）的阻断抗体E27与靶向HIV Env的HIV-1特异性广泛中和性抗体3BNC117的单链可变片段。与单独表达3BNC117 CAR的T细胞相比，3BE CAR-T细胞对HIV Env阳性细胞具有更强的细胞毒活性，在与HIV Env阳性细胞共孵育时展现了更好的增殖能力、更高的杀伤效率以及更强的细胞因子分泌能力。我们进一步通过基因编辑制造了TCR缺失的3BE CAR-T细胞，并证实这些CAR-T细胞在NSG小鼠体内可以有效杀伤HIV Env阳性细胞，且没有引发严重的移植物抗宿主病（GvHD）。本文的数据表明，我们为“通用型”抗HIV CAR-T细胞制备与PD-1免疫检查点阻断疗法的结合提供了可行的方法，从而为HIV的功能性治愈提供了有力的候选疗法。
2023, 38(2): 296-308.
doi: 10.1016/j.virs.2023.01.008
收稿日期: 2022-09-14
录用日期: 2023-01-16
出版日期: 2023-01-23
猪流行性腹泻病毒（PEDV）是一种肠道致病性冠状病毒，对全球养猪业产生了灾难性的影响。然而，目前仍然没有针对PEDV感染的有效药物。本研究我们利用表达海肾荧光素酶的PEDV重组病毒（PEDV-Rluc），从FDA批准的药物库中筛选具有潜在的抗PEDV化合物，确定了四种化合物能够显著降低PEDV-Rluc的荧光素酶活性，其中，氯硝柳胺因表现出最强的抗病毒活性和最高的选择性指数被进一步鉴定。氯硝柳胺以剂量依赖性有效地抑制经典和变异的PEDV毒株的病毒RNA合成、蛋白表达和病毒粒子的产生。通过时间添加测定显示，在病毒感染同时或在病毒感染后添加氯硝柳胺具有显著性抗PEDV活性。此外，氯硝柳胺通过影响病毒的内吞环节而不影响病毒的吸附，从而显著抑制PEDV入侵细胞。此外，氯硝柳胺与其他内体酸化的小分子抑制剂联合使用，可显著增强氯硝柳胺在体外的抗PEDV效果。总之，以上研究表明，氯硝柳胺是一种新型的抗病毒剂，可能为开发针对PEDV和其他致病性冠状病毒感染的新型药物疗法提供基础。
2023, 38(2): 309-312.
doi: 10.1016/j.virs.2023.01.007
收稿日期: 2022-07-14
录用日期: 2022-12-30
出版日期: 2023-01-20
传染病可导致患者体内的可变剪接失调。然而，新冠患者体内可变剪切的全局性特征尚未阐明，新冠病毒感染和其他呼吸道病原感染之间的差异也未被研究。本研究下载了人类全血的公共RNA测序数据，并对新冠病毒和季节性冠状病毒感染患者以及流感和细菌性肺炎患者体内的可变剪接进行了全转录组分析。研究发现，新冠肺炎和其他呼吸道疾病在差异可变剪接事件（DASE）的类型、内含子片段的长度以及代谢、免疫和炎症等途径的富集方面表现出特异性和相似性。此外，本研究系统地探索了每种感染类型中与可变剪接事件相关的潜在RBP调节网络。一些特异性的和广谱性的RBPs和剪接因子，如ENOX1、CELF6，被认为与不同的感染高度相关。此外，细胞丰度和剪接事件的相关性分析表明，可变剪接在病原体感染期间细胞的丰度调节中起着重要作用。本研究表明，在人类全血样本中，不同呼吸道病原体感染引起的宿主转录反应和剪接程序有功能上的差异。此项研究对比了新冠肺炎和相关呼吸道感染性疾病中可变剪接的综合特征，这有利于我们理解在转录后水平上宿主细胞和呼吸道病原体之间的相互作用，为新的治疗方法提供了潜在靶点。
2023, 38(2): 313-316.
doi: 10.1016/j.virs.2023.01.005
收稿日期: 2022-10-04
录用日期: 2023-01-13
出版日期: 2023-01-19
SARS-CoV-2突变体（VOCs），尤其是Omicron（B.1.1.529）亚型的出现，给COVID-19的预防和控制带来了巨大挑战。刺突蛋白（S）蛋白的关键位点变异导致突变体病毒能够逃逸COVID-19疫苗和治疗性单克隆抗体（mAbs）的抗病毒效应，因此迫切需要发现新的具有广谱中和能力的单克隆抗体作为候选治疗性抗体。在这项研究中，我们从COVID-19恢复患者和疫苗接种者外周血，通过单细胞分选和抗体克隆技术，获得了77株能够中和SARS-CoV-2的单克隆抗体。分析这些单克隆抗体对Omicron亚型BA.1、BA.2、BA.3、BA.4/5、BA.2.75、BF.7、BQ.1的中和情况发现，所有这些Omicron亚型具有不同程度的抗体逃逸现象，尤其是BF.7和BQ.1，能够逃逸大部分单克隆抗体的中和。通过抗体中和谱分析，我们鉴定出2株抗体（VSM12-37，SCM15-45）对这些Omicron亚型的假病毒具有广谱中和活性，同时对Alpha、Beta、Gamma、Delta代表株也具有广谱中和能力。进一步研究发现，这些广谱单克隆抗体均靶向于受体结合域（RBD），并与ACE2竞争结合。针对SARS-CoV-2突变体特别是Omicron多种突变体的广谱单克隆抗体的发现，有望为SARS-CoV-2突变体的治疗性抗体提供候选，具有潜在的临床开发价值。
2023, 38(2): 317-320.
doi: 10.1016/j.virs.2023.01.004
收稿日期: 2022-05-27
录用日期: 2023-01-10
出版日期: 2023-01-19
本研究首次报道了从发生肝脏损伤的中国河北省父母代鸡群病例中鉴定到血清E 8b型禽腺病毒（FAdV-E 8b）和禽戊型感染病毒（aHEV）的共感染，并对FAdV-8b和aHEV主要基因进行了测序分析。结合临床发病表现，推测FAdV-8b和aHEV在体内的共感染可增强对鸡的致病性。本研究提示FAdV-8b和aHEV共感染的危害不容忽视，要强化对FAdV和aHEV感染的持续监测。
2023, 38(2): 321-323.
doi: 10.1016/j.virs.2023.02.002
收稿日期: 2022-10-09
录用日期: 2023-02-23
出版日期: 2023-02-28
牛冠状病毒（Bovine coronavirus，BCoV）是一种重要的家畜病原体，可感染多种家养动物和野生反刍动物。本研究在我国河北省草原地区的一只达乌尔黄鼠（Spermophilus dauricus）的肾脏和直肠样本中检测到了BCoV。通过二代测序和Sanger测序验证，获得了其全基因组序列，且发现其中存在多个高频率核苷酸多态性位点。该病毒与其他BCoV的同源关系较近，且与我国牛中发现的BCoV的核苷酸序列一致性高达99.4%，表明其可能在牛和达乌尔黄鼠间发生了跨物种传播。实时荧光定量PCR、透射电镜和荧光原位杂交等结果进一步证明BCoV在达乌尔黄鼠体内潜在的感染。综上，本研究首次在啮齿动物中发现BCoV，扩大了BCoV以及Betacoronavirus 1的宿主范围，并强调了Betacoronavirus 属成员的宿主复杂性。
2023, 38(2): 324-326.
doi: 10.1016/j.virs.2023.02.003
收稿日期: 2022-11-28
录用日期: 2023-02-27
出版日期: 2023-03-01
在抗击COVID-19大流行中预防性疫苗起着关键的作用。疫苗的功效不仅应通过其预防感染的能力来评估，还应通过降低COVID-19的传播、疾病严重程度和后遗症来评估。其中T细胞免疫在抵抗新冠感染中具有重要的免疫功能，它通过减少感染细胞的数量来限制病毒复制，从而降低COVID-19的严重程度。最近的研究表明，与mRNA疫苗诱导单一的Spike特异性T细胞反应相比，灭活疫苗诱导了更广泛的针对SARS-CoV-2结构蛋白的T细胞反应。灭活疫苗在预防严重COVID-19和死亡方面与mRNA疫苗一样有效，并且可能具有对抗SARS-CoV-2新变体的潜在优势，因为它们能够引发多抗原性T细胞反应。
2023, 38(2): 327-333.
doi: 10.1016/j.virs.2023.03.006
收稿日期: 2022-09-27
录用日期: 2023-03-21
出版日期: 2023-03-25
猴痘（Mpox）是一种病毒性人畜共患病，通常表现出皮疹、发热、头痛、肌肉疼痛等症状，严重感染可导致死亡。长期以来，猴痘主要在非洲中西部国家流行，非洲以外少数国家也报道了零星病例。2022年5月以来，多个国家相继报告了大规模猴痘病毒感染病例。当前，世界卫生组织（WHO）已将本次疫情升级为国际关注的公共卫生事件。基因组测序结果显示，引起本次疫情的毒株较已报道毒株新产生了大量突变，被证实为猴痘病毒的新进化分支。临床采集及环境监测样本中猴痘病毒基因组测序对分子溯源和病毒变异监测预警等至关重要。然而，猴痘病毒基因组较大且具有末端串联重复等复杂特征，临床采集样本类型多样且病毒载量一般较低，给基因组测序工作带来极大挑战。为了更好地进行猴痘病毒基因组测序，本文综述了该领域最新研究进展，系统地总结了猴痘病毒基因组测序的主要步骤，基于获得基因组的质量对不同测序方案进行了横向比较。此外，我们还提出了多种适用于猴痘病毒的基因组富集或扩增的优化策略。本文将为猴痘病毒基因组测序方案制定提供帮助，有利于猴痘检测、监测预警和分子溯源工作的顺利开展。
38卷第2期 (2023年4月)
ISSN 1674-0769
EISSN 1995-820X
CN 42-1760/Q
主编: 石正丽
影响因子: 6.947*
*源于2021年JCR
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