SARS-CoV-2 Omicron及其亚系的体液和细胞免疫逃避
The recently discovered SARS-CoV-2 variant Omicron (B.1.1.529) has rapidly become a global public health issue. The substantial mutations in the spike protein in this new variant have raised concerns about its ability to escape from pre-existing immunity established by natural infection or vaccination. In this review, we give a summary of current knowledge concerning the antibody evasion properties of Omicron and its subvariants (BA.2, BA.2.12.1, BA.4/5, and BA.2.75) from therapeutic monoclonal antibodies and the sera of SARS-CoV-2 vaccine recipients or convalescent patients. We also summarize whether vaccine-induced cellular immunity (memory B cell and T cell response) can recognize Omicron specifically. In brief, the Omicron variants demonstrated remarkable antibody evasion, with even more striking antibody escape seen in the Omicron BA.4 and BA.5 sub-lineages. Luckily, the third booster vaccine dose significantly increased the neutralizing antibodies titers, and the vaccine-induced cellular response remains conserved and provides second-line defense against the Omicron.
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Protection from infection or disease? Re-evaluating the broad immunogenicity of inactivated SARS-CoV-2 vaccines
How do we measure vaccine efficacy? The strictest but also easiest parameter to determine vaccine efficacy is its ability to block infection. Indeed, if a vaccine is able to block infection, this necessarily follows that it will also prevent both disease development and viral transmission. As a consequence, antibodies, specifically neutralising antibodies, have been used as the “gold standard” correlate of protection to measure SARS-CoV-2 vaccine efficacy, given their ability to block infection. Since SARS-CoV-2 infects cells by the binding of its spike protein to the host ACE-2 receptor, a vaccine that is able to induce a large quantity of antibodies able to block the interaction between the ACE-2 receptor and spike protein should theoretically be highly efficacious. Given this “antibody-centric” method of evaluating of a vaccine, it is clear why spike mRNA vaccines have to date been regarded the most effective COVID-19 vaccine in the market.
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中国310例omicron变异株患者的临床特征及与Delta、Beta变异株患者的比较
尽管新型冠状病毒的Omicron变异株开始在中国传播，但关于感染患者临床特征的数据有限。
本研究收集并分析了天津市海河医院收治的310例Omicron变异株患者的人口统计学、临床特征和实验室数据。研究将这些患者的数据与在哈尔滨2019年新型冠状病毒病爆发期间的96名Delta变异株患者和326名Beta变异株患者分别进行了比较。
在感染Omicron变体的310名患者中，中位年龄为35岁。大多数患者临床分类为轻型（57.74%），最常见的症状为咳嗽（48.71%）、发热（39.35%）和咽痛（38.26%）。Omicron组不同疫苗接种组的结果显示，接种2剂或3剂后“SARS-CoV-2特异性IgG”的中位数高于未接种组（P<0.05）。根据临床分类，年龄较大的中度病例比例较高，无症状和轻型病例的比例较低。与Delta和Beta组相比，Omicron组的中位年龄更年轻；Omicron病毒组的无症状患者和轻型患者总数高于Delta和Beta组（60.97% vs.54.17% vs.47.55%）。
本研究展示了中国天津市第一组感染Omicron变异体患者的临床特征，并将其临床特征与感染Delta和Beta变异株的患者进行了比较，这将增加我们对奥密克戎变异株的认识。
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本研究收集并分析了天津市海河医院收治的310例Omicron变异株患者的人口统计学、临床特征和实验室数据。研究将这些患者的数据与在哈尔滨2019年新型冠状病毒病爆发期间的96名Delta变异株患者和326名Beta变异株患者分别进行了比较。
在感染Omicron变体的310名患者中，中位年龄为35岁。大多数患者临床分类为轻型（57.74%），最常见的症状为咳嗽（48.71%）、发热（39.35%）和咽痛（38.26%）。Omicron组不同疫苗接种组的结果显示，接种2剂或3剂后“SARS-CoV-2特异性IgG”的中位数高于未接种组（P<0.05）。根据临床分类，年龄较大的中度病例比例较高，无症状和轻型病例的比例较低。与Delta和Beta组相比，Omicron组的中位年龄更年轻；Omicron病毒组的无症状患者和轻型患者总数高于Delta和Beta组（60.97% vs.54.17% vs.47.55%）。
本研究展示了中国天津市第一组感染Omicron变异体患者的临床特征，并将其临床特征与感染Delta和Beta变异株的患者进行了比较，这将增加我们对奥密克戎变异株的认识。
口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）对中国婴儿的有效性、安全性和免疫原性研究
方法：口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）在中国6400名6-12周龄婴儿中开展了多中心有效性、安全性和免疫原性临床研究，研究采用随机、安慰剂双盲法进行，分别有3200名婴儿随机分配到疫苗组和安慰剂组接受3剂口服疫苗，每剂间隔4周，全程接种14天后连续观察2个轮状病毒流行季，评价疫苗对轮状病毒所致胃肠炎的保护性；观察每剂接种后30天的不良事件以及整个研究期间的严重不良事件。
结果：口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）对疫苗所含血清型的轮状病毒所致胃肠炎、严重胃肠炎、因胃肠炎而住院的保护率分别为69.21%、91.36%、89.21%；该疫苗对自然感染的任何血清型轮状病毒所致胃肠炎、严重胃肠炎、因胃肠炎而住院的保护率分别为62.88%、85.51%、83.68%；疫苗组与安慰剂组婴儿接种后30天的不良事件发生率相当，研究期间疫苗组与安慰剂组婴儿严重不良事件发生率没有显著性差异。
结论：口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）对中国婴儿具有良好的保护效果，且耐受性和安全性良好。
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结果：口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）对疫苗所含血清型的轮状病毒所致胃肠炎、严重胃肠炎、因胃肠炎而住院的保护率分别为69.21%、91.36%、89.21%；该疫苗对自然感染的任何血清型轮状病毒所致胃肠炎、严重胃肠炎、因胃肠炎而住院的保护率分别为62.88%、85.51%、83.68%；疫苗组与安慰剂组婴儿接种后30天的不良事件发生率相当，研究期间疫苗组与安慰剂组婴儿严重不良事件发生率没有显著性差异。
结论：口服六价重配轮状病毒活疫苗（Vero细胞）对中国婴儿具有良好的保护效果，且耐受性和安全性良好。
猴痘病毒:对人类的再度威胁
人猴痘（MPX）是一种罕见的人畜共患传染病，具有类似天花的体征和症状。它是由猴痘病毒（MPXV）引起的，这是一种双链DNA病毒，属于正痘病毒属。MPX最早于1970年被发现，过去主要盛行于中非和西非的农村雨林。在非洲以外，英国、美国、以色列和新加坡也有MPX的报告。2022年，MPX病毒在欧洲和其他地方的重新流行对人类构成了潜在威胁。MPXV通过动物-人或人-人的途径传播，MPXV感染的症状与天花相似，但形式较温和，死亡率较低（1%至10%）。尽管天花疫苗已被证明对MPXV感染提供85%的保护，两种抗天花病毒药物已被批准用于治疗MPXV，但仍然没有针对MPXV感染的特异性疫苗和药物。因此，迫切需要采取积极的措施，包括采用新的抗MPXV策略来控制MPXV的传播，预防MPX的流行。在此，我们总结了MPXV的生物学特征、流行病学、致病性、实验室诊断及防治策略等方面。这一综述为预防和控制这种新出现的感染的未来爆发提供了基础知识。
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FoxJ1抑制非洲猪瘟病毒复制且病毒蛋白S273R下调FoxJ1的表达以削弱其抗病毒作用
非洲猪瘟（ASF）是由非洲猪瘟病毒（ASFV）感染家猪和野猪引起的的高致病性烈性传染病，给养猪业造成了巨大经济损失，严重威胁着全球粮食安全和养殖业发展。迄今为止，还未有针对非洲猪瘟的安全有效的商品化疫苗。因此，揭示ASFV与宿主的相互作用机制对于开发有效的ASFV疫苗和抗病毒药物至关重要。本研究通过RNA-seq技术、RT-qPCR和Western blotting分析发现，ASFV感染猪原代肺泡巨噬细胞后，宿主因子FoxJ1的转录和蛋白水平均显著下调。进一步研究发现，过表达FoxJ1可上调poly （dA：dT）诱导的I型干扰素和干扰素刺激基因（ISGs）转录，促进天然免疫应答，抑制ASFV的复制。此外，FoxJ1通过自噬途径降解ASFV MGF505-2R和E165R蛋白；而ASFV S273R能够抑制FoxJ1的表达。综上所述，我们发现FoxJ1具有抑制ASFV复制的功能，且ASFV S273R蛋白通过抑制FoxJ1表达，拮抗FoxJ1介导的抗病毒作用。本研究拓宽了对FoxJ1的抗病毒功能的认知，为ASFV抗病毒药物或疫苗的设计研发提供理论依据。
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逆转运复合体和分选连接蛋白在病毒生命周期中的作用
逆转录复合物和分选连接蛋白（SNX）将货物从内体运输到跨高尔基网络或质膜，最近的研究揭示了逆转录复合物和SNX在病毒生命周期中的作用，包括冠状病毒科、黄病毒科和逆转录病毒科。逆转录复合物/SNX的关键成分，如Vps35、Vps26、SNX5和SNX27，可以影响病毒生命周期的多个步骤，包括促进病毒进入细胞、参与病毒复制和促进病毒粒子的组装。在这里，我们对逆转录复合物/SNX与病毒之间的相互作用进行了全面更新的回顾，这将为控制病毒感染提供机制见解。
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非洲猪瘟病毒免疫逃逸机制研究进展
非洲猪瘟 (African swine fever, ASF) 是由非洲猪瘟病毒 (African swine fever virus, ASFV) 感染引起的猪的急性、出血性、传染性疾病, 患病猪死亡率可达100%。非洲猪瘟原本是撒哈拉以南非洲国家的一种地方病, 现在已经蔓延到亚洲和欧洲许多国家。由于没有商业化的疫苗或治疗药物用于防控非洲猪瘟, 该病已在世界范围内迅速传播, 对世界养猪业造成了巨大的经济损失。目前，由于我们对ASFV免疫逃逸机制和致病机理的认识不足，导致了安全有效的疫苗研制严重滞后。因此，在本文中我们总结了ASFV及其蛋白抑制宿主先天性和适应性免疫应答的分子机制, 以期为深入了解ASFV致病机制和ASFV疫苗设计提供参考。
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双向筛选TAR系统可以有效组装用于qPCR检测的MPXV基因组片段模板
转化相关重组（TAR）已被广泛用于组装较大DNA产物，而影响组装效率的障碍之一是酵母中存在错误修复DNA途径，这导致载体骨架自连或非正确重组产物的产生。为了提高TAR组装效率，我们制备了一种双向筛选载体PGFCS，通过将PADH1-URA3添加到细菌酵母人工染色体PGF，含有PHIS3-HIS3盒作为阳性选择标记，以添加的PADH1-URA3用作负选择标记，以确保携带线性化载体自连的酵母不能在5-氟乳清酸（5-FOA）存在下生长。为了防止PGFCS中引入的ura3与酵母基因组中的内源ura3-52重组，利用Blasticidin的抗生素抗性基因替代酵母染色体中的ura3-52，制备高度可转化的酿酒酵母VL6-48B。在VL6-48B中利用PGFCS，通过TAR组装了包含定量PCR的主要检测靶标-猴痘病毒的55kb基因组片段。PGFCS介导的TAR重组显示载体循环化率为零，正确组装产率均值为79％，表明双选策略可优化TAR重组。
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广谱中和抗体鼻内给药可保护小鼠免受SARS-CoV-2 Delta和Omicron变异株的致命攻击
SARS-CoV-2的多种新的变异株不断出现，如delta和omicron变异株，对目前已获得的中和抗体产生了耐药性。是否迫切需要发现新的治疗药物来对抗变异株。尽管已经有针对COVID-19的疫苗，但广谱中和抗体的使用被认为是预防或治疗SARS-Cov-2变异株感染的替代方法。 在这项研究中，研究人员发现，鼻内给与两种之前被认为具有广谱中和活性的抗体(F61和H121)可以保护K18-hACE2小鼠免受SARS-CoV-2变异株的致命攻击。F61单独用药或F61/F121联合使用对200或1000 TCID50剂量的野生毒株(WIV04)和多种变异株(包括beta (B.1.351)、delta (B.1.617.2)、和omicron (B.1.1.529) 的广泛保护效力得到了验证。同时对delta和omicron的挑战的最低抗体给药剂量(5-1.25 mg/kg体重)也进行了评估。当给与20 mg/kg F61和F61/H121时，所有攻毒组均有充分的预防保护作用，相应小鼠肺病毒RNA呈阴性，肺泡间隔和空腔几乎全部正常。此外，低剂量抗体治疗对delta和omicron变异的致命攻击产生了显著的预防性保护，而F61/H121联合治疗对omicron感染表现出良好的效果。 我们的研究结果表明，广谱单克隆中和抗体可用于预防和治疗当前出现的SARS-CoV-2变异株感染。
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编码基孔肯雅病毒E2-E1蛋白的mRNA疫苗可诱导强力的中和抗体反应和细胞毒性T细胞免疫反应
伊蚊传播的基孔肯雅病毒（CHIKV）感染可导致人类关节炎。然而，目前还没有可用于临床的针对CHIKV的特定抗病毒药物和有效的许可疫苗。在这里，我们研发了一种编码CHIKV E2-E1抗原的mRNA-LNP疫苗，并将其与S2细胞中表达的可溶性重组蛋白sE2-E1抗原进行了免疫原性比较。结果表明，与铝佐剂混合的重组蛋白抗原在C57BL/6小鼠中引发了强烈的抗原特异性体液免疫反应和较弱的细胞免疫反应。同时，二聚体形式的sE2-E1疫苗刺激的中和抗体水平比单体sE1疫苗和sE2疫苗高12—23倍。重要的是，当通过mRNA-LNP疫苗递送E2-E1基因时，与重组蛋白sE2-E1相比较，不仅诱导了更好的中和抗体反应，而且还产生了更强的细胞免疫反应，尤其是CD8 T细胞反应。而且，E2-E1-mRNA-LNP诱导的CD8 T细胞在体内具有特异性细胞毒作用。鉴于其具有较好的免疫原性和制备方便的特点，我们认为CHIKV E2-E1-LNP mRNA疫苗是未来应该重点关注、具有进一步研发价值的CHIKV疫苗。
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克里米亚-刚果出血热病毒糖蛋白Gc的冷冻电镜结构
克里米亚-刚果出血热病毒(Crimean-Congo hemorrhagic fever virus, CCHFV)是一种引起人类严重出血性疾病的病原体，致死率高。CCHFV囊膜表面糖蛋白Gc在CCHFV入侵靶细胞过程中介导病毒与宿主膜融合，同时也是中和抗体的主要免疫靶标，因此其结构信息对于阐明病毒膜融合机制和研究中和抗体的中和机制至关重要，但到目前为止对CCHFV糖蛋白Gc的结构研究相对较少，尚无其胞外域蛋白结构的相关报道。
我们设计了Gc胞外域的三聚体蛋白，利用单颗粒分析技术解析了2.8 Å分辨率的Gc融合后结构，证实CCHFV糖蛋白Gc是II型膜融合蛋白。与布尼亚家族白纤病毒科和汉坦病毒科病毒已解析的Gc蛋白融合后结构进行结构、序列比较，发现CCHFV的Gc结构域III的排布方式与白纤病毒相似；但是其结构域II顶端的融合肽则与汉坦病毒的结构保守性较高。由于存在这种混合结构特征，我们推测在进化上CCHFV与这两种病毒均存在关联。Gc的结构解析，还帮助我们定位了Gc的抗原表位，因此提供了重要的结构信息以便分析各种抗体潜在的中和机制。
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我们设计了Gc胞外域的三聚体蛋白，利用单颗粒分析技术解析了2.8 Å分辨率的Gc融合后结构，证实CCHFV糖蛋白Gc是II型膜融合蛋白。与布尼亚家族白纤病毒科和汉坦病毒科病毒已解析的Gc蛋白融合后结构进行结构、序列比较，发现CCHFV的Gc结构域III的排布方式与白纤病毒相似；但是其结构域II顶端的融合肽则与汉坦病毒的结构保守性较高。由于存在这种混合结构特征，我们推测在进化上CCHFV与这两种病毒均存在关联。Gc的结构解析，还帮助我们定位了Gc的抗原表位，因此提供了重要的结构信息以便分析各种抗体潜在的中和机制。
An integrated rapid nucleic acid detection assay based on recombinant polymerase amplification for SARS-CoV-2
Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) is a novel coronavirus that causes the outbreak of coronavirus disease 2019 (COVID-19) (Li et al., 2020a). Viral nucleic acid testing is the standard method for the laboratory diagnosis of COVID-19 (Wu et al., 2020a; Zhu et al., 2020). Currently, a variety of qPCR-based detection kits are used for laboratory-based detection and confirmation of SARS-CoV-2 infection (Corman et al., 2020; Hussein et al., 2020; Ruhan et al., 2020; Veyer et al., 2020). Conventional qPCR involves virus inactivation, nucleic acid extraction, and qPCR amplification procedures. Therefore, the process is complicated, which usually takes longer than 2 h, and requires biosafety laboratories and professional staff. Thus, qPCR is not suitable for use in field or medical units. To reduce the operation steps, automatic integrated qPCR detection systems that combine nucleic acid extraction and qPCR amplification in a sealed cartridge were developed to detect viruses in clinical samples (Li et al., 2020b). However, the detection time is still longer than 1 h. Therefore, rapid nucleic acid detection systems are needed to further improve the detection efficiency.
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2022, 37(6): 783-785.
doi: 10.1016/j.virs.2022.11.002
收稿日期: 2022-10-19
录用日期: 2022-11-04
出版日期: 2022-11-07
How do we measure vaccine efficacy? The strictest but also easiest parameter to determine vaccine efficacy is its ability to block infection. Indeed, if a vaccine is able to block infection, this necessarily follows that it will also prevent both disease development and viral transmission. As a consequence, antibodies, specifically neutralising antibodies, have been used as the “gold standard” correlate of protection to measure SARS-CoV-2 vaccine efficacy, given their ability to block infection. Since SARS-CoV-2 infects cells by the binding of its spike protein to the host ACE-2 receptor, a vaccine that is able to induce a large quantity of antibodies able to block the interaction between the ACE-2 receptor and spike protein should theoretically be highly efficacious. Given this “antibody-centric” method of evaluating of a vaccine, it is clear why spike mRNA vaccines have to date been regarded the most effective COVID-19 vaccine in the market.
2022, 37(6): 786-795.
doi: 10.1016/j.virs.2022.11.007
收稿日期: 2022-08-01
录用日期: 2022-11-18
出版日期: 2022-11-23
The recently discovered SARS-CoV-2 variant Omicron (B.1.1.529) has rapidly become a global public health issue. The substantial mutations in the spike protein in this new variant have raised concerns about its ability to escape from pre-existing immunity established by natural infection or vaccination. In this review, we give a summary of current knowledge concerning the antibody evasion properties of Omicron and its subvariants (BA.2, BA.2.12.1, BA.4/5, and BA.2.75) from therapeutic monoclonal antibodies and the sera of SARS-CoV-2 vaccine recipients or convalescent patients. We also summarize whether vaccine-induced cellular immunity (memory B cell and T cell response) can recognize Omicron specifically. In brief, the Omicron variants demonstrated remarkable antibody evasion, with even more striking antibody escape seen in the Omicron BA.4 and BA.5 sub-lineages. Luckily, the third booster vaccine dose significantly increased the neutralizing antibodies titers, and the vaccine-induced cellular response remains conserved and provides second-line defense against the Omicron.
2022, 37(6): 796-803.
doi: 10.1016/j.virs.2022.09.008
收稿日期: 2022-02-17
录用日期: 2022-09-26
出版日期: 2022-09-29
本文对一株新的B.1.617.2 Delta毒株（Delta630）与原始野生型病毒WIV04毒株（WIV04）的复制、感染性、致病性和传播性进行了体内外综合评估分析。我们证明了Delta630在人源细胞中的复制效率高于WIV04。仓鼠鼻内接种时，Delta630导致更多的体重减轻和更严重的疾病，感染104 PFU的Delta630后约1周导致40%的死亡率。此外，Delta630在竞争性空气传播实验中较WIV04具有更强的竞争优势。总之，Delta630毒株在仓鼠中比WIV04具有更高的复制能力、致病性和传播性。据我们所知，这是第一个在仓鼠模型中导致死亡的SARS-CoV-2毒株，该模型将有助于评估针对SARS-CoV-2 Delta变异株的疫苗和抗病毒药物。
2022, 37(6): 804-812.
doi: 10.1016/j.virs.2022.09.007
收稿日期: 2022-06-13
录用日期: 2022-09-20
出版日期: 2022-09-24
新型冠状病毒变异株不断涌现，从B.1.17(Alpha)、B.1.351(Beta)、P.1(Gamma)、B.1.617.2(Delta)到B.1.1.529(Omicron)，对全球公共卫生安全构成了巨大威胁。新出现或重新出现的各种SARS-CoV-2变异株需要不断监测其流行、致病性和免疫逃逸机制。本文的目的是研究从老挝感染的新冠病毒患者中分离出的新冠病毒Alpha和Delta变异株的复制特性和致病性。通过测序确定了分离株S蛋白的氨基酸突变。在Calu-3和Caco-2细胞模型中，Alpha和Delta分离株的复制效率高于原型，而在Huh-7、Vero E6和HPA-3细胞模型中没有观察到这种特征。我们利用hACE2转基因小鼠和仓鼠模型来评价分离株的发病机制。Alpha和Delta可以在多个器官中很好地复制，并在这些动物中引起中度至重度的肺部病理变化。总之，我们分离并鉴定了新冠病毒Alpha和Delta变异株的S蛋白，并分别评价了它们在细胞和动物模型中的复制特性和致病性。
2022, 37(6): 813-822.
doi: 10.1016/j.virs.2022.09.003
收稿日期: 2022-07-05
录用日期: 2022-09-01
出版日期: 2022-09-06
正在发生的COVID-19大流行是由具有正链RNA基因组的严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）引起的。目前SARS-CoV-2的蛋白质组学研究主要集中于其基因组RNA（gRNA）或经典亚基因组RNA（sgRNA）所编码的蛋白质。在该论文中，我们系统地研究了SARS-CoV-2的翻译全景图，特别是非经典sgRNA的翻译。我们首先构建了一个严格的生物信息学流程vipep，通过使用RNA-seq数据和质谱数据鉴定来源于RNA病毒翻译所产生的可靠肽段。我们应用vipep分析了24组与SARS-CoV-2感染相关的质谱数据。除了已注释的蛋白外，我们鉴定到了许多来自非经典sgRNA翻译所产生的肽段，它们的表达量随感染时间稳定增加。此外，我们还探索了由非经典sgRNA编码的蛋白质的潜在功能，发现它们可以与病毒RNA结合，并可能具有免疫抗原活性。该通用型vipep流程可以适用于任何RNA病毒，这些结果扩展了SARS-CoV-2翻译图谱，为理解SARS-CoV-2 sgRNA的功能提供了新的见解。
2022, 37(6): 823-830.
doi: 10.1016/j.virs.2022.10.007
收稿日期: 2022-07-01
录用日期: 2022-10-21
出版日期: 2022-10-26
在当前全球大流行期间，严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)从冷链食品向一线工作人员的传播构成了严重的公共卫生威胁，迫切需要设计出在大多数不同物理化学条件下有效灭活病毒的简明方法，以降低病毒通过污染的冷链食品表面传播的风险。通过在冷链温度下对高滴度SARS-CoV-2进行电子束辐射，2 kGy的辐射剂量可使病毒滴度从104.5降低至0 TCID50/mL。接着将人冠状病毒OC43(HCoV-OC43)作为SARS-CoV-2合适的替代病毒，定义3 kGy的高能电子辐射剂量为使测试的包装材料中病毒滴度降低超过4 log单位的灭活剂量。另外，采用实时荧光定量PCR (RT-qPCR)检测病毒基因E、N和ORF1ab，组织培养半数感染剂量(median tissue culture infectious dose,TCID50)与RT-qPCR对SARS-CoV-2检测结果具有较强的相关性，而RT-qPCR检测辐射灭活和未辐射的对照病毒的基因拷贝数没有显著差异，不能区分二者的感染性。由于有效灭活病毒的辐射剂量远低于食品加工的安全上限，本研究结果为设计基于辐射灭活冷链食品中SARS-CoV-2的方法提供了依据，且进一步证明，基于细胞的病毒检测方法对于评估SARS-CoV-2的灭活效率至关重要。
2022, 37(6): 831-841.
doi: 10.1016/j.virs.2022.10.006
收稿日期: 2022-07-25
录用日期: 2022-10-21
出版日期: 2022-10-27
SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs)突变株在世界各地的仍在流行。但是，灭活疫苗血清和康复者血清对B.1.1.7(Alpha)、B.1.351(Beta)、P.1(Gamma)、B.1.617.2(Delta)和B.1.1.529(Omicron)等所有VOCs的中和水平还缺乏比较分析。因此，我们利用慢病毒构建了五种VOCs的假病毒，并分析了它们的感染性和对不同时间康复者和灭活病毒疫苗血清中和抗性。结果表明，五种VOC假病毒的感染率均高于野生型(WT)，其中B.1.617.2和B.1.1.529变异假病毒的感染率分别高于野生型和其他VOC毒株。10名接种过两剂疫苗后1、3和5个月的人的血清，和10名出院后14和200天康复者血清，分别对所有毒株保持中和活性，但与WT相比，随着时间的推移，血清对五种VOC突变株假病毒的中和活性显著下降。值得注意的是，100%(30/30)接种者血清样本对B.1.1.529的中和活性降低了2.5倍以上。90%(18/20)的恢复期血清与B.1.1.529的中和作用降低了2.5倍以上。这些发现表明，随着时间的推移，接种疫苗和康复的个体对VOCs的保护作用减弱，这表明有必要进接种加强针，并开发能够引发广泛中和抗体的新疫苗。
2022, 37(6): 842-849.
doi: 10.1016/j.virs.2022.08.008
收稿日期: 2022-05-25
录用日期: 2022-08-23
出版日期: 2022-08-29
为了应对新型冠状病毒奥密克戎变异株的快速传播，提升筛查出新型冠状病毒感染者的能力非常重要。中国在2022年3月中旬首次将快速抗原检测（Rapid antigen test,RAT）作为补充检测方法。回答“RAT在中国将应当扮演什么角色并发挥多大的作用”这个问题亟需临床数据的支持。在本研究中，我们以核酸扩增检测（Nucleic acid amplification test,NAAT）作为标准，在奥密克戎变异株感染的住院病人中评价了RAT的性能和影响其检测的相关因素。NAAT的结果表明鼻咽拭子的检测效果优于口咽拭子。RAT在NAAT阳性的鼻咽拭子样本中的检测性能优于NAAT阳性的口咽拭子。RAT阳性率与鼻咽拭子样本中新型冠状病毒N基因和ORF1ab基因的高水平高度相关，与病人长住院时长、检测距离症状初发时间短高度相关。当受试者接受了良好的RAT检测指导，自行RAT检测（含自行采样）的准确率与专业人员进行RAT检测的准确率可比。本研究纳入的病人在出院时RAT阴性率为100%。这些结果提示：RAT除了作为一种补充检测手段，也可能成为评估奥密克戎变异株感染的住院病人疾病进展的重要策略。本研究为中国新型冠状病毒肺炎动态清零政策下RAT的政策优化提供了重要的支撑性临床数据。
2022, 37(6): 850-859.
doi: 10.1016/j.virs.2022.10.009
收稿日期: 2022-04-24
录用日期: 2022-10-27
出版日期: 2022-10-31
COVID-19在全球范围内以惊人的速度传播，新的变体不断出现。最近，世界卫生组织承认了一种新的变异株“Omicron”，与其他变异株相比，儿童在该变异株引起的COVID-19病例中所占的比例越来越大。然而，Omicron感染后恢复期儿童患者的临床和免疫学特征尚不清楚。在本研究中，我们将儿童患者与成年患者或健康儿童的临床数据进行了比较分析，并探究了SARS-CoV-2疫苗对恢复期儿童患者临床和免疫特征的影响。该研究结果表明，恢复期儿童患者具有与成年患者或健康儿童不同的独特临床和免疫特征。此外，接种SARS-CoV-2疫苗对恢复期患者临床和免疫特征及预防RP有显著影响。我们的研究进一步加深了对Omicron对儿童患者长期健康影响的认识，同时也为Omicron感染儿童的预防和治疗提供了重要参考。
2022, 37(6): 860-873.
doi: 10.1016/j.virs.2022.11.005
收稿日期: 2022-08-23
录用日期: 2022-11-16
出版日期: 2022-11-19
新的新冠病毒突变株每隔数月就快速出现。这些突变株已经表现出强大的适应能力来逃避免疫系统。为了进一步认识新冠病毒的适应能力以便寻求策略来减缓新突变株的出现，在此我们研究了病毒在广谱中和抗体和它们联用条件下的适应性。首先，我们选取了四种广谱中和抗体，其中包括泛沙贝病毒和泛贝塔冠状病毒的中和抗体，它们识别RBD上的不同保守区域或S2亚基上的保守茎螺旋区域。通过竞争性结合分析，我们证明了它们能够同时结合上刺突蛋白。然后，一种具有复制能力的新冠病毒刺突蛋白假型化的水疱性口炎病毒被用于研究病毒的适应性。在单个抗体或抗体组合的选择压力下，进行了二十次连续病毒传代。我们发现病毒并不难适应广谱中和抗体，即便是对于泛沙贝病毒和泛贝塔冠状病毒中和抗体亦是如此。然而病毒越来越难逃逸两个/三个/四个抗体的组合。而且，高通量测序所揭示的病毒群体中的突变显示，在三个/四个组合抗体的选择压力下，病毒突变不倾向于出现在贝塔冠状病毒中高度保守的区域（茎螺旋区域），但在单个/两个抗体的选择压力下则并非如此。重要的是，靶向RBD保守区域和茎螺旋的中和抗体的联合使用协同地防止了逃逸突变的出现。这些研究将指导未来疫苗和治疗药物开发的攻关，并提供了设计RBD-茎螺旋串联疫苗的逻辑依据，这种疫苗设计可能有助于阻碍新突变株的产生。
2022, 37(6): 874-882.
doi: 10.1016/j.virs.2022.08.007
收稿日期: 2022-04-06
录用日期: 2022-06-21
出版日期: 2022-08-22
人偏肺病毒（HMPV）是急性呼吸道疾病（ARI）儿童住院的主要原因之一。这项多中心研究的目的是分析2017年至2019年中国急性下呼吸道感染住院儿童中HMPV阳性病例的临床和分子流行病学特征。我们前瞻性地收集了2017年至2019年在6家医院住院治疗急性下呼吸道感染的儿童的呼吸道样本，进行HMPV分子检测和序列分析，并使用标准化问卷获得临床数据。在入组的2733份样本中的145份（5.3%）中检测到HMPV。大多数HMPV阳性儿童年龄在2岁以下（67.6%），中位年龄为1岁。HMPV可独立引起幼儿急性下呼吸道感染，而所有患者均表现出轻微的临床症状，主要是发热，咳嗽，咳痰和流涕。同时，在所有共感染病例中，HMPV最常与肠道病毒（EV）或鼻病毒（RhV）共同被检测到（38.0%，但EV或RhV未进一步分型），其次是呼吸道合胞病毒（RSV）（32.0%）。在中国北部和南部，3月至5月的检出率最高。在145份阳性样本中，48份可以成功分型，其中36份（75%）为A2c基因型，8份（16.7%）为B1亚型，4份（8.3%））为B2亚型。此外，16份A2c基因型在G基因中含有111个核苷酸重复。本研究共成功获得27个完整的HMPV基因组，25份（92.6%）属于A2c基因型，B1和B2亚型各一份。在25份A2c基因型的全基因组中共检测到277个突变。
2022, 37(6): 883-893.
doi: 10.1016/j.virs.2022.08.006
收稿日期: 2022-04-29
录用日期: 2022-08-17
出版日期: 2022-08-24
南极和北极是最寒冷的地方，极地环境中包含多种微生物，包括病毒，它们是极地生态系统的重要组成部分。然而，极地地区动物和环境样本难以获得，导致目前对极地地区病毒的了解仍然有限。为了更好地了解极地病毒，本研究利用2012-2014年收集的南极动物粪便和北极冻土宏基因组测序数据进行了回顾性分析。研究结果显示，来自南极动物粪便的至少23个科和来自北极土壤的16个科的DNA和RNA病毒不同群落。虽然来自南极和北极的病毒群落表现出很高的多样性，但它们与来自不同生态系统和具有相似病毒蛋白的生物体的已知病毒有遗传相似性。对微小噬菌体科（Microviridae）、细小病毒科（Parvoviridae）和拉维达韦病毒科（Larvidaviridae）进行了系统发育分析，获得了两种与圆环病毒科（Circoviridae）密切相关的新型环状复制相关蛋白（rep）编码单链（CRESS） DNA病毒的全基因组序列。这些结果揭示了极地地区病毒群落的高度多样性、复杂性和新颖性，并讨论了北极土壤、北极淡水和南极土壤中南北极病毒科变异之间的遗传相似性和功能相关性。这些发现提高了我们对极地病毒的认识，并表明对南极和北极的动物和环境样本进行后续深入调查的重要性，这将揭示这些病毒在全球病毒种群中的重要作用。
2022, 37(6): 894-903.
doi: 10.1016/j.virs.2022.08.004
收稿日期: 2022-01-27
录用日期: 2022-08-08
出版日期: 2022-08-17
酪蛋白激酶1α（CK1α）通过介导I型干扰素受体1（IFNAR1）的磷酸化和降解来应对病毒的感染。但是，CK1α如何调控乙肝病毒（HBV）复制以及IFN-α抗HBV作用的报道较少。本研究表明，在肝癌细胞中，CK1α可以与IFNAR1相互作用。在外源IFN-α抑制HBV过程中，CK1α通过降低IFNAR1的泛素化来增加IFNAR1的丰度水平，进一步促进IFN-α诱导的JAK-STAT信号通路，从而增强IFN-α抑制HBV复制的效应。我们的结果表明宿主因子CK1α促进了IFN-α抑制HBV复制的效应，为提高IFN-α治疗CHB的有效性提供新的思路。
2022, 37(6): 904-912.
doi: 10.1016/j.virs.2022.08.003
收稿日期: 2021-12-29
录用日期: 2022-08-09
出版日期: 2022-08-17
寨卡病毒（Zika virus，ZIKV）感染可导致严重的神经系统疾病，包括新生儿小头畸形和格林-巴利综合征。长非编码RNA（lncRNAs）是转录过程的副产物，可能参与病毒的感染过程。然而，宿主lncRNAs是否在ZIKV感染中起作用，在很大程度上尚不清楚。本研究鉴定了一组在ZIKV感染后上调并依赖于I型干扰素（IFN）信号的人lncRNAs。lncRNA ZAP-IT1的过表达可显著下调ZIKV的感染。而敲除ZAP-IT1则使得ZIKV的感染增强。ZAP-IT1是一种内含子型lncRNA，长度为551nt，主要分布于细胞核内。ZAP-IT1还具有抵抗登革病毒（DENV）、日本脑炎病毒（JEV）或水泡性口炎病毒（VSV）感染的作用。在机制方面，本研究发现ZAP-IT1的抗病毒作用独立于I型干扰素信号通路。综上，本研究揭示了由I型IFN信号诱导的宿主lncRNA ZAP-IT1，具有抑制ZIKV感染、甚至DENV、JEV和VSV感染的作用，这可能有助于抗病毒治疗的发展。
2022, 37(6): 913-921.
doi: 10.1016/j.virs.2022.09.001
收稿日期: 2022-01-17
录用日期: 2022-08-31
出版日期: 2022-09-06
鼻咽癌（NPC）是在中国南方高发的一种肿瘤，并且与EB病毒（EBV）感染密切相关。AKT/mTOR和NF-κB信号通路都是在包括NPC等肿瘤中被激活的关键信号通路，而这些主要通路在EBV相关性NPC中是如何被持续激活的仍有待研究。在本研究中，我们证明了EBV编码的潜伏膜蛋白1（LMP1）通过活化NF-κB、促进宿主蛋白亲环素A （CYPA）的表达。CYPA的敲低或缺失可抑制细胞增殖及促进细胞凋亡。CYPA可与AKT1结合并激活AKT/mTOR/NF-κB信号级联。此外，mTOR抑制剂雷帕霉素能阻止正反馈环路NF-κB/CYPA/AKT/mTOR的持续激活。因此，可推测在最初的病毒感染时LMP1表达足以保证持续性增强AKT/mTOR和NF-κB信号通路的活化。这或许部分解释了LMP1作为EBV编码的癌蛋白和促癌因子在相关性恶性肿瘤中其表达却很少。本研究的发现为理解EBV在潜伏感染过程中的肿瘤病因学作用提供了新的见解。
2022, 37(6): 922-933.
doi: 10.1016/j.virs.2022.09.004
收稿日期: 2022-05-04
录用日期: 2022-07-17
出版日期: 2022-09-08
非洲猪瘟（African Swine fever，ASF）是由非洲猪瘟病毒（African Swine fever virus，ASFV）感染引起的猪的急性、高度接触性、热性传染病。猪一旦感染死亡率可达100%，是我国重点防范的一类动物疫情，同时也是世界动物卫生组织（OIE）法定报告的动物疫病。由于非洲猪瘟具有高致病性和高传染性，目前还没有针对非洲猪瘟的有效疫苗或其他治疗方法，因此需要建立一种快速、敏感、简单的疾病诊断方法。本研究选取ASFV-p30蛋白为靶蛋白，基于纳米抗体的优势，从免疫后的双峰驼中筛选抗p30蛋白的纳米抗体，然后将纳米抗体与辣根过氧化物酶（HRP）进行融合表达，利用纳米抗体与HRP融合蛋白ASFV-p30-Nb75-HRP为竞争探针，建立了一种检测猪血清中抗ASFV抗体的竞争ELISA。直接ELISA显示ASFV-p30-Nb75-HRP融合蛋白在HEK293T细胞中分泌表达。竞争ELISA的判定值值为22.7%，具有良好的敏感性、特异性和重复性。建立的cELISA与商业ELISA试剂盒的符合率为100%。更重要的是，基于开发的cELISA的商业试剂盒显示出低成本和易于生产的优势。综上所述，我们开发了一种简单的基于纳米体的检测ASFV抗体的竞争ELISA，为监测猪群的ASFV感染提供了一种新的方法。
2022, 37(6): 934-937.
doi: 10.1016/j.virs.2022.10.008
收稿日期: 2022-05-24
录用日期: 2022-10-21
出版日期: 2022-10-28
本研究利用前期建立SARS-CoV-2恒河猴感染模型中所获得的血液和雄性生殖系统样本，初步开展了SARS-CoV-2感染对恒河猴生殖系统的病理损伤和功能影响的研究。结果表明，SARS-CoV-2感染可导致恒河猴睾丸不同程度的病理损伤，而这一损伤的形成可能与感染所引起的炎症反应和性激素波动有关，而非病毒在靶器官直接感染所导致。这一发现有利于今后进一步全面评估SARS-CoV-2感染所导致的风险。
2022, 37(6): 938-941.
doi: 10.1016/j.virs.2022.11.003
收稿日期: 2022-06-30
录用日期: 2022-11-04
出版日期: 2022-11-08
SARS-CoV-2的流行已经造成了全球数百万人死亡，但同时针对COVID-19病毒突变株（主要是一些关键蛋白，如刺突蛋白上的氨基酸位点突变）流行的疫苗研发速度也是前所未有的。目前已完成的研究主要集中在RBD和NTD上热门突变位点的免疫逃避分子机制，然而对其他位置突变的关注较少。本文我们利用低温冷冻电镜技术解析了Lambda、Mu、C.1.2和B.1.620突变株刺突蛋白的三维结构。我们通过结构分析发现了两个重要的突变位点，分别是残基156-157的缺失和T859N的突变。该缺失造成邻近的β-链变短从而扭曲了片层结构，并导致整个NTD结构域的移动。同时我们还发现T859N位点的突变造成调节刺突蛋白构象变化的动力学障碍。我们的研究结果揭示了两个新的突变位点，提醒我们应更多地关注RBD和NTD以外的突变，特别是位于FPPR和630 loop基序的突变。
2022, 37(6): 942-945.
doi: 10.1016/j.virs.2022.10.003
收稿日期: 2022-02-14
录用日期: 2022-10-17
出版日期: 2022-10-19
虽然新型冠状病毒-2具有突变快传染性强的特点，但是其核壳蛋白高度保守，是抗原检测的重要靶点。针对新型冠状病毒-2的这个特点，我们克隆和表达了其核壳蛋白并制备了相应的单克隆抗体。这些单克隆抗体分别识别新型冠状病毒-2核壳蛋白的氨基端（1D5和2G11）和羧基端（1C7，2E11，3C6，和4F10）并且在免疫印迹和免疫荧光反应中能特异性的识别抗原。更重要的是，我们发现2G11/Bio-1C7这对单抗组合在酶联免疫反应中检测新型冠状病毒-2核壳蛋白的最低浓度为15ng每孔，同时2G11和我们表达的抗原对于新冠患者血样测检测敏感度高达97.4%而特异性为100%。因此，我们制备新型冠状病毒-2核壳蛋白特异性的单克隆抗体并建立了基于新型冠状病毒-2核壳蛋白的检测方法。
2022, 37(6): 946-949.
doi: 10.1016/j.virs.2022.08.009
收稿日期: 2022-06-17
录用日期: 2022-08-26
出版日期: 2022-09-03
发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）是一种新的蜱传病毒病原体，致死率高，且缺乏有效药物和疫苗。SFTSV聚合酶蛋白L在基因组复制和转录中起着至关重要的作用。为了更好地理解L蛋白的功能机制，本研究通过基于报告基因的微复制子系统评估了L蛋白不同功能域及其保守氨基酸残基对SFTSV RNA合成的影响。结果表明各结构域对L蛋白的功能都至关重要，缺一不可。点突变结果显示12个保守氨基酸位点中，有9个位点氨基酸突变严重影响微复制子报告基因的表达，表明这9个位点是SFTSV L中的关键位点，对于L蛋白功能有重要作用。上述研究结果将有助于对SFTSV-L蛋白结构及其对病毒RNA转录和复制机制的理解。近年来，与SFTSV密切相关的新病毒不断被发现，且有证据表明这类SFTSV相关的新病毒具有感染人/动物并致病的风险，对公共卫生构成潜在威胁。序列比对结果表明SFTSV L蛋白中的关键氨基酸位点在这类SFTSV相关新病毒中高度保守，提示L蛋白可作为研制抗病毒药物的重要靶点，为广谱抗SFTSV相关病毒的药物研发提供思路。
Due to our negligence, the original version of this article, published online on 17 June 2022, contained a mistake in Table 2. The positive animal number for unclassified goats/sheep in the fourth line should be 44. The seropositive rate "3.1%" is correct thus remains unchanged. The corrected Table 2 is given below. We apologize for our oversight when preparing the table and state that this does not change the scientific conclusions of the article in any way.
37卷第6期 (2022年12月)
ISSN 1674-0769
EISSN 1995-820X
CN 42-1760/Q
主编: 石正丽
影响因子: 6.947*
*源于2021年JCR
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