In recent years, the in silico epitopes prediction tools have facilitated the progress of vaccines development significantly and many have been applied to predict epitopes in viruses successfully. Herein, a general overview of different tools currently available, including T cell and B cell epitopes prediction tools, is presented. And the principles of different prediction algorithms are reviewed briefly. Finally, several examples are present to illustrate the application of the prediction tools.

In the present study, a total of 24 MAbs were produced against bluetongue virus (BTV) by polyethyleneglycol (PEG) mediated fusion method using sensitized lymphocytes and myeloma cells. All these clones were characterized for their reactivity to whole virus and recombinant BTV-VP7 protein, titres, isotypes and their reactivity with 24 BTV-serotype specific sera in cELISA. Out of 24 clones, a majority of them (n = 18) belong to various IgG subclasses and the remaining (n = 6) to the IgM class. A panel of eight clones reactive to both whole BTV and purified rVP7 protein were identified based on their reactivity in iELISA. For competitive ELISA, the clone designated as 4A10 showed better inhibition to hyperimmune serum of BTV serotype 23. However, this clone showed a variable percent of inhibition ranging from16.6% with BTV 12 serotype to 78.9% with BTV16 serotype using 24 serotype specific sera of BTV originating from guinea pig at their lowest dilutions. From the available panel of clones, only 4A10 was found to have a possible diagnostic application.

冠状病毒是一种重要的病原体，主要引起人和畜类感染。SARS冠状病毒的出现再次引起了人们对冠状病毒复制及致病机理研究的关注。鼠肝炎病毒株MHV-A59是一个用来研究冠状病毒结构蛋白功能及病毒复制的良好模型系统。本研究利用以痘苗病毒为载体的反向遗传学系统，通过定点突变和多轮重组筛选，构建了野生型MHV-A59的温度敏感突变株Wu”-ts18(cd)，该突变株对MHV-A59非结构蛋白16（Nsp16）的第12位氨基酸的三个碱基发生了突变，导致该位点氨基酸发生与报道的Wu”-ts18温度敏感突变株相同的氨基酸突变，但降低了在该位点产生回复突变的可能性。在不同培养温度的病毒蚀斑和复制分析结果表明，所构建的温度敏感突变体Wu”-ts18(cd)与报道的Wu”-ts18具有相同的复制特性和温度敏感表型。通过在非容许温度培养Wu”-ts18(cd)，迫使其产生在其它位点发生突变的回复突变体。对多株Wu”-ts18(cd)的回复突变体序列分析结果表明，多数回复突变体在Nsp16的43位氨基酸发生了单个氨基酸位点的突变, 在Nsp16的76位和130位的单个氨基酸突变也可使温度敏感突变株Wu”-ts18(cd)回复为野生型。回复突变体R8和R9在非容许温度39.5°C可形成大小不同的蚀斑，全序列测定结果表明Nsp13的115位氨基酸差异影响了蚀斑的大小。本研究建立了利用冠状病毒温度敏感突变体及其回复突变体研究非结构蛋白功能方法，并确定了影响Nsp16蛋白功能的几个重要氨基酸位点,有利于进一步了解冠状病毒Nsp16蛋白在病毒复制过程中的功能。

为建立一种快速、准确检测A型口蹄疫病毒（FMDV）抗原的胶体金免疫层析方法，采用双抗体夹心法，分别将纯化的豚鼠抗A/AV88（L）抗体作为与胶体金标记的捕获抗体，将其喷涂于玻璃纤维上；纯化兔抗A/CHA/09抗体作为检测抗体喷于硝酸纤维素膜上形成检测带（T），羊抗豚鼠抗体包被于硝酸纤维素膜上的质控带（C），各部件依次装配形成免疫层析试纸条。灵敏度试验显示试纸条可检测A型抗原的最低含量为11.7ng/ml。在田间试验中证实该方法在检测口蹄疫C型、猪水疱病抗原（SVD）、水泡性口炎(VS)、水泡性疹(VES)等病毒时无交叉反应。分别用试纸条和间接ELISA方法进行临床样本符合性实验，结果显示：两种方法的敏感性相同，均为88.8%。特异性分别为98.2%和98.7%。这是国内外首次开展针对A 型口蹄疫胶体金免疫层析技术的研究，利用该技术制备的试纸条敏感性、特异性良好，操作简单、快速，结果判读容易，特别适用于基层和现场应用。

RNA 干扰是一种由siRNA 介导的、转录后mRNA 水平关闭相应基因表达的序列特异性基因沉默机制。HSV-1病毒脱氧核糖核苷酸还原酶（RR）分别由UL39和UL40基因编码的大、小两个亚基组成，本研究应用化学合成的靶向UL39和UL40基因的siRNAs，高效、特异地沉默了RR mRNA的表达，抑制了HSV-1病毒的复制，为RNA干扰作为抑制HSV-1病毒复制的基因工具提供了一种新的可能。

南方水稻黑条矮缩病毒（Southern rice black-streaked dwarf virus，SRBSDV）是斐济病毒属（Fijivirus）的一种新病毒，近年在中国南部、中部和越南北部等地水稻上流行。SRBSDV 的基因组由10条双链RNA组成，根据其分子量由大到小命名为S1到S10。我们从山东省济宁自然发病的玉米上获得了一个SRBSDV分离物JNi4。JNi4的S7到S10 和水稻黑条矮缩病毒（Rice black-streaked dwarf virus）相应片段的核苷酸一致率分别为72.6%-73.1%，72.3%-73%，73.9%-74.5%和77.3%-79%，与SRBSDV的HN 和GD分离物相应片段的一致率为99.7%, 99.1%-99.7%, 98.9%-99.5%和98.6%-99.2%。JNi4在根据S7到S10基因组序列构建的系统发生树中和GD、 HN 形成一个独立的分枝。这些结果证实了SRBSDV 作为斐济病毒属一个独立种的观点，证明JNi4是SRBSDV的一个分离物。山东是目前为止中国检测到SRBSDV的最北地区。

虽然有研究表明2009年甲型流感（H1N1）病毒是由北美和欧亚的猪流感病毒重组产生的，但由于甲型流感病毒与先前的分离株存在较大的进化距离，并不能确定其直接的祖先。 2009年甲型流感的爆发引起了人们对流感病毒研究的兴趣，大量的流感病毒序列信息提交到了核酸数据库中。我们通过序列比对发现新近提交的2007年美国南达科他州禽流感病毒株和其他南美禽流感病毒株包含的基因片段与2009年甲型流感病毒有很大的相似性， 进化树分析也表明2009年甲型流感病毒和北美的禽流感病毒以及猪流感病毒有关系。鸟类是所有亚型流感病毒的天然宿主，与猪相比，野生鸟类更便于在很大的范围内传播流感病毒，所以鸟类对于2009年甲型流感病毒跨洲的进化可能具有重要的作用。了解流感病毒的进化过程，有利于指导未来新的流感疫情防控措施。本研究表明2009年甲型流感（H1N1）病毒和在美国南达科他州水鸟中流行的禽流感病毒之间有密切关系，提示加强监测禽类流感对于阐明2009年流感的进化过程具有重要意义。

猪繁殖与呼吸综合征是由猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）引起的，PRRSV含有6个结构蛋白，GP2, GP3, GP4, GP5, M和N，其中GP5蛋白是酶联免疫吸附试验（ELISA）及其他检查方法的重要的目的蛋白。通过体外表达的重组抗原建立的检测方法，可提高PRRSV诊断的特异性和敏感性。鉴于此，本研究克隆并表达了PRRSV LZh/07株的GP5基因，并用纯化的GP5蛋白建立了用于检测PRRSV间接ELISA检测方法，通过各项条件的优化，最终建立可用于检测PRRSV抗体的ELISA试剂盒。该试剂盒与法国的LSI PRRSV-Ab ELISA试剂盒对300份田间样品进行检测。结果显示，最佳包被抗原浓度为0.2 μg/孔，血清稀释比例为1:40；与LSI PRRSV-Ab ELISA试剂盒比对符合率为88.7% (266/300)。由此表明，该检测方法为猪繁殖与呼吸综合征病毒血清抗体的检测提供一种新的技术。

对虾白斑综合症病毒（WSSV），桃拉综合症病毒（TSV）和传染性皮下及造血组织坏死病毒（IHHNV）是引起对虾疾病的三种主要的病原，严重影响对虾养殖业的发展。应用PCR检测技术，对2008年我国浙江省12个对虾养殖场进行WSSV，TSV及IHHNV分子流行病学调查。结果显示，8个养殖场的对虾样品检测到WSSV，8个养殖场的对虾样品检测到IHHNV，其中6个养殖场出现WSSV和IHHNV共感染。WSSV和IHHNV的阳性感染率（阳性样品份数/总样品份数）分别为57.4%和49.2%；较高比例的WSSV和IHHNV共感染出现在四个对虾养殖场：滨江（93.3%）、六鳌（66.7%）、尖山（46.7%）和咸详（46.7%）；12个养殖场均没有检测出TSV。本研究提供了浙江省WSSV、TSV和IHHNV三种病毒的流行概况，为该省对虾疾病的预防和控制提供了依据。