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2022年37卷2期

In the past two years, numerous newly emerging and threatening SARS-CoV-2 lineages have been identified in various countries and regions. Reconstructing transmission chains/networks has become an effective way to elucidate the dynamics and evolution of SARS-CoV-2. In this issue, Li et al. carried out a comprehensive analysis on the family and community SARS-CoV-2 transmission events in a representative small and medium-sized city, employing a combination of epidemiological investigation, high-throughput sequencing, and clinical testing. Their study describes a complete dynamic process of single-nucleotide polymorphism development during the community transmission, and further reveals that intrahost variant analysis is an effective approach to studying cluster infections. The cover image shows haplotype network based on SARS-CoV-2 genomes from different cases and transmission chains relied on epidemiological information (reconstructing transmission process works like revolving jigsaw puzzle; provided by Yang Li and Peng Zhou, designed by Yuxian Liu). Please see page 187–197 for details.

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Review

非洲猪瘟病毒免疫逃逸机制研究进展

郑小杰, 聂圣明, 封文海

2022, 37(2): 157 doi: 10.1016/j.virs.2022.03.006

收稿日期: 2021-12-07 录用日期: 2022-03-07
[摘要] [PDF 1934 KB] ScienceDirect
非洲猪瘟 (African swine fever, ASF) 是由非洲猪瘟病毒 (African swine fever virus, ASFV) 感染引起的猪的急性、出血性、传染性疾病, 患病猪死亡率可达100%。非洲猪瘟原本是撒哈拉以南非洲国家的一种地方病, 现在已经蔓延到亚洲和欧洲许多国家。由于没有商业化的疫苗或治疗药物用于防控非洲猪瘟, 该病已在世界范围内迅速传播, 对世界养猪业造成了巨大的经济损失。目前,由于我们对ASFV免疫逃逸机制和致病机理的认识不足,导致了安全有效的疫苗研制严重滞后。因此,在本文中我们总结了ASFV及其蛋白抑制宿主先天性和适应性免疫应答的分子机制, 以期为深入了解ASFV致病机制和ASFV疫苗设计提供参考。
Research Article

引起1988、1994和2007年北京三起急性出血性结膜炎暴发的柯萨奇A组24型变异株的分子分析

李俊含, 黄芳, 张勇, 冀天娇, 祝双利, 王东艳, 韩振志, 肖金波, 司芬芬, 许文波, 严冬梅

2022, 37(2): 168 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.024

收稿日期: 2021-01-28 录用日期: 2022-01-14
[摘要] [PDF 2254 KB] ScienceDirectESM
柯萨奇病毒A组24型变异株(CVA24v)是引起急性出血性结膜炎(AHC)持续暴发和大流行的主要病原体。中国首次证实由CVA24v引起的AHC发生在1988年的北京,1994年和2007年在北京再次暴发了两起AHC,这三起暴发与20世纪70年代以后AHC在世界范围内流行的三个阶段动态分布相一致。为阐明不同时期CVA24v的遗传特征,从3次暴发中共分离到23株CVA24v,并对其全基因组进行测序及分析。与原型株相比,除2007年分离的0744株外,其余分离株均在5'UTR有4个核苷酸缺失。2007年分离株中的第98个位点均有一个核苷酸的插入。从1994年到2007年,VP1区第25位和第32位的氨基酸极性发生了变化。基于3C和VP1建立的系统发育树均表明,1988年和1994年分离株属于基因型III (GIII), 2007年分离株属于基因型IV (GIV)。基于全基因组序列的贝叶斯分析表明,1988年、1994年和2007年分离株的最近共同祖先分别估算为1987年10月、1993年2月和2004年12月左右。CVA24v的进化速率估计为7.45×10-3 substitute /site/year。我们的研究表明,CVA24v在中国大陆的早期流行为GIII基因型。不同基因型CVA24v的点突变和氨基酸变化可能导致AHC暴发强度的差异。CVA24v一直以相对较快的速度不断进化。

2016-2020年间上海地区CVA10基因组特征分析和首次报道中国出现CVA10的D基因型

王嘉瑜, 刘嘉婧, 房方皓, 吴佳瑾, 冀天娇, 杨玉颖, 刘玲, 李崇山, 张万菊, 张曦, 滕峥

2022, 37(2): 177 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.028

收稿日期: 2021-09-17 录用日期: 2022-01-14
[摘要] [PDF 2121 KB] ScienceDirectESM
柯萨奇病毒A10型(CVA10)是引起手足口病的主要病原体之一。本研究采集了2016年1月至2020年12月间上海地区手足口病监测病例样本,用以调查CVA10的流行规律及基因组特征。研究发现,过去5年间上海地区引起手足口病的病原中CVA10阳性率居第4位,占2.78%;其每年的检出阳性率呈波动趋势。本研究测序共获得11株VP1全长序列和64株CVA10全基因组序列 。通过基因进化分析发现,CVA10上海流行主要是C基因型,与其他国内流行的VP1序列相似性在91%-100%之间。在此基础上,本研究首次报道了曾在欧洲引起大规模流行的CVA10 D基因型也在中国大陆地区出现。重组分析显示,这种在上海地区流行的D基因型是与CVA16 D基因型种间重组而来。结论: CVA10 C基因型是2016-2020年上海地区主要流行的基因型。重组CVA10 D基因型首先被发现在中国大陆流行。对于CVA10的进化关系及传播途径的研究需要持续的监测来帮助指导疾病防控。

中国早期疫情时新冠病毒在具有传统社区结构中型城市的传播特征

李洋, 司昊睿, 朱燕, 谢楠, 李贝, 张相萍, 韩俊峰, 包红红, 杨勇, 赵凯, 侯自员, 程思嘉, 张栓虎, 石正丽, 周鹏

2022, 37(2): 187 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.030

收稿日期: 2021-10-23 录用日期: 2022-01-21
[摘要] [PDF 3784 KB] ScienceDirectESM
武汉首次新冠疫情暴发仅几个月后,全国性的疫情就已经终结。在此期间大部分的病例发生在湖北省,少部分病例发生在其它的中国省市。虽然少数几个大城市的早期新冠疫情流行特征已见报道。但是广大中小城市的早期疫情研究仍十分少见。考虑到这些中小城市多维系着较为传统的家庭和社区结构,因此新冠病毒在这些中小城市的传播特征可能与大城市存在较大不同。在这项研究中,我们以安阳市作为中小城市的代表,对来自该地区的60条新冠病毒基因组特征进行了分析,将它们与国内外地区同时期流行的400余条新冠病毒的基因组进行了比较,进而揭示了该地区的新冠病毒流行和传播特征。基于病毒基因组的分子流行病学研究显示:安阳疫情中的新冠病毒为多源头输入,并且较大的家庭规模促使疫情延伸较广。研究者发现在同一社区暴发事件中,由于社交行为不同,新冠病毒在不同的家庭中表现出不同的传播模式。研究者捕捉到病毒突变在社区传播中从单个病例中出现、到通过跨个体传播固定,直至演变为群体优势突变的完整过程。研究指出,对病毒在宿主内的变异进行分析是一种用来研究聚集性疫情的有效方法。综上所述,这项研究提供了有关中国中小城市新冠病毒传播的新资料以及中国早期新冠疫情中病毒的进化信息。

The mutational dynamics of the SARS-CoV-2 virus in serial passages in vitro

Sissy Therese Sonnleitner, Stefanie Sonnleitner, Eva Hinterbichler, Hannah Halbfurter, Dominik B.C. Kopecky, Stephan Koblmüller, Christian Sturmbauer, Wilfried Posch, Gernot Walder

2022, 37(2): 198 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.029

收稿日期: 2021-09-26 录用日期: 2022-01-21
[摘要] [PDF 1579 KB] ScienceDirectESM
Since its outbreak in 2019, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) keeps surprising the medical community by evolving diverse immune escape mutations in a rapid and effective manner. To gain deeper insight into mutation frequency and dynamics, we isolated ten ancestral strains of SARS-CoV-2 and performed consecutive serial incubation in ten replications in a suitable and common cell line and subsequently analysed them using RT-qPCR and whole genome sequencing. Along those lines we hoped to gain fundamental insights into the evolutionary capacity of SARS-CoV-2 in vitro. Our results identified a series of adaptive genetic changes, ranging from unique convergent substitutional mutations and hitherto undescribed insertions. The region coding for spike proved to be a mutational hotspot, evolving a number of mutational changes including the already known substitutions at positions S:484 and S:501. We discussed the evolution of all specific adaptations as well as possible reasons for the seemingly inhomogeneous potential of SARS-CoV-2 in the adaptation to cell culture. The combination of serial passage in vitro with whole genome sequencing uncovers the immense mutational potential of some SARS-CoV-2 strains. The observed genetic changes of SARS-CoV-2 in vitro could not be explained solely by selectively neutral mutations but possibly resulted from the action of directional selection accumulating favourable genetic changes in the evolving variants, along the path of increasing potency of the strain. Competition among a high number of quasi-species in the SARS-CoV-2 in vitro population gene pool may reinforce directional selection and boost the speed of evolutionary change.

感染野生鸟类和啮齿类动物的新pegivirus

朱文涛, 杨晶, 卢珊, 黄虞远, 金东, 濮吉, 刘丽云, 李振军, 施莽, 徐建国

2022, 37(2): 208 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.013

收稿日期: 2021-08-30 录用日期: 2021-11-04
[摘要] [PDF 2331 KB] ScienceDirectESM
Pegivirus是黄病毒科(Flaviviridae)的一个包膜RNA病毒属,主要引起包括人在内的各种哺乳动物的血液感染。本文主要对来源于青藏高原的多种野生动物携带的pegivirus进行调查研究。我们从不同的野生鸟类呼吸道中鉴定到了三种新的病毒,命名为麻雀pegivirus (Passer montanus pegivirus), 高山岭雀pegivirus (Leucosticte brandti pegivirus)和 白腰雪雀pegivirus (Montifringilla taczanowskii pegivirus), 以及从白尾松田鼠中鉴定到一种新的啮齿类pegivirus,命名为白尾松田鼠pegivirus (Phaiomys leucurus pegivirus)。有意思的是,之前的报道显示pegivirus绝大多数都是来源哺乳动物;本文发现的非哺乳动物起源(来自鸟类)的病毒极大地扩展了pegivirus的宿主范围。另外,共进化显示pegivirus与它们的宿主在漫长的进化史上保持了共进化状态,也就是说pegivirus在很大程度上遵循病毒与宿主共同进化的关系,因此可将所有pegivirus的共同进化祖先追溯到312百万年前。总之,本研究首次报道了多个感染野生鸟类的pegivirus,扩展了它们的多样性,并因此可能改写pegevirus的宿主范围以及进化历史。

Ungulate bocaparvovirus 4和Rodent bocavirus是同一种病毒的不同基因型

何文巧, 高钰涵, 文羽祺, 柯雪梅, 欧泽金, 傅嘉琪, 程明基, 莫云, 陈清

2022, 37(2): 215 doi: 10.1016/j.virs.2022.02.002

收稿日期: 2021-04-07 录用日期: 2022-02-10
[摘要] [PDF 3327 KB] ScienceDirectESM
博卡病毒与许多人类传染病有关,例如呼吸道感染、肠胃炎和肝炎。已知鼠类是博卡病毒的宿主,可以携带啮齿动物博卡病毒和鼠博卡病毒。最近在鼠类中也检出了ungulate bocaparvovirus 4(一种猪博卡病毒)。研究鼠类携带的博卡病毒对于确定病毒来源和疾病的预防和控制非常重要。据我们所知,至今还没有研究对鼠类肝脏样本进行博卡病毒的调查。我们于2014年至2017年期间在中国南方地区捕获了624只鼠类。使用PCR方法对鼠类肝脏和血清样本中的博卡病毒进行了检测。在肝脏和血清样本中均检测到与ungulate bocaparvovirus 4和rodent bocavirus相关的序列。有趣的是,ungulate bocaparvovirus 4(参考毒株:KJ622366.1)在肝脏(分别为2.24%和0.64%)和血清样品(分别为2.19%和0.44%)中的检出率均高于rodent bocavirus(参考毒株:KY927868.1)。ungulate bocaparvovirus 4和rodent bocavirus相关序列的NS1区域在核酸和氨基酸水平上分别有超过84%和88%的一致性。此外,这些序列具有相似的基因组结构、基因组特征和密码子使用偏好,并可能具有共同的祖先。我们的研究结果表明,ungulate bocaparvovirus 4和rodent bocavirus可能来源于大鼠,并且可能是同一博卡病毒种的不同基因型。

中国牛肝炎病毒的鉴定和遗传特征:一个大规模流行病学研究

卢刚, 陈朝喜, 邵冉, 张娟, 李景浩, 蔡思琪, 钟林涛, 赖志颖, 欧嘉俊, 尹鑫, 张桂红, 李守军

2022, 37(2): 223 doi: 10.1016/j.virs.2022.02.003

收稿日期: 2021-05-24 录用日期: 2022-02-10
[摘要] [PDF 2214 KB] ScienceDirectESM
牛肝炎病毒(Bovine hepacivirus,BovHepV)是一种新病毒,于2015年首次报道于加纳和德国。迄今为止,在世界范围内的牛群中都发现了该病毒流行的证据。之前的研究将该病毒分为A-G亚型。为了解中国BovHepV的流行情况和遗传特征,我们于2018年至2020年从国内七个省市的20个农场中共采集了612份牛血清样本并通过半巢式PCR检测BovHepV RNA。结果表明,49份(8.0%)样本为BovHepV RNA阳性。值得注意的是,我们首次确定牦牛可以感染BovHepV。在调查中,在所有七个省份中都检测到BovHepV,阳性率从3.1%到13.3%不等,这表明BovHepV在中国具有广泛的地理分布。测序结果显示,本研究中49株野毒株的5'UTR之间的核苷酸相似性为96.3%–100%,与先前报道的毒株之间的核苷酸相似性为93.9%–100%。此外,核苷酸分析表明5'UTR中的5个关键核苷酸位点可以用来区分不同亚型BovHepV毒株,该结论进一步通过基因组测序和核苷酸相似性分析进行了验证。本研究中检测的所有49株国内BovHepV野毒株均归类为G亚型,而该亚型目前仅报道于中国牛群中。本研究可为更好地了解BovHepV的流行情况和基因多样性提供基础。

2017-2020年中国新疆维吾尔自治区盖塔病毒的分子和血清学监测

史宁, 仇相书, 曹鑫宇, 买占海, 朱翔宇, 李楠, 张赫, 张金勇, 李卓昕, 沙娅·奴尔兰, 鲁会军, 金宁一

2022, 37(2): 229 doi: 10.1016/j.virs.2022.02.004

收稿日期: 2021-07-19 录用日期: 2022-02-10
[摘要] [PDF 3608 KB] ScienceDirectESM
盖塔病毒(GETV)是一种蚊子传播的RNA病毒,广泛分布于大洋洲和亚洲。GETV不仅对马、猪、牛、狐狸和野猪具有致病性,还可导致人类发热。自2017年中国大陆首次报告病例以来,受GETV影响的省份数量已增至17个。因此,我们在2017-2020年间对中国西北部的新疆地区进行了GETV流行病学调查。Elisa用于分析从纯种马、本地马、绵羊、山羊、牛和猪采集的3299份血清样本,其中纯种马(74.8%)、本地马(67.3%)、山羊(11.7%)、绵羊(10.0%)、牛(25.1%)和猪(51.1%)抗GETV抗体呈阳性。有趣的是,马的中和抗体滴度远高于其他物种。根据RT-PCR,四份来自马和猪的样本对GETV呈阳性。此外,我们从一匹本地马的血清中分离出GETV菌株XJ-2019-07,并测定其完整基因组序列。从系统发育关系来看,它属于第三组谱系。这是在新疆首次发现与家畜相关的GETV证据。总的来说,GETV在新疆很流行,可能已经流行了好几年了。由于中国没有针对GETV的疫苗,因此应改进马和猪的检测和监测策略,尤其是进口和养殖的马和猪,以防止经济损失。

广谱中和抗体鼻内给药可保护小鼠免受SARS-CoV-2 Delta和Omicron变异株的致命攻击

卢佳, 殷强玲, 裴荣娟, 张秋, 曲园园, 潘勇兵, 孙丽娜, 高丁, 梁翠琴, 杨靖雯, 芜为, 李建东, 崔中强, 王泽鋆, 李新国, 李德新, 王世文, 段凯, 关武祥, 梁米芳, 杨晓明

2022, 37(2): 238 doi: 10.1016/j.virs.2022.02.005

收稿日期: 2022-01-23 录用日期: 2022-02-16
[摘要] [PDF 4857 KB] ScienceDirect
SARS-CoV-2的多种新的变异株不断出现,如delta和omicron变异株,对目前已获得的中和抗体产生了耐药性。是否迫切需要发现新的治疗药物来对抗变异株。尽管已经有针对COVID-19的疫苗,但广谱中和抗体的使用被认为是预防或治疗SARS-Cov-2变异株感染的替代方法。 在这项研究中,研究人员发现,鼻内给与两种之前被认为具有广谱中和活性的抗体(F61和H121)可以保护K18-hACE2小鼠免受SARS-CoV-2变异株的致命攻击。F61单独用药或F61/F121联合使用对200或1000 TCID50剂量的野生毒株(WIV04)和多种变异株(包括beta (B.1.351)、delta (B.1.617.2)、和omicron (B.1.1.529) 的广泛保护效力得到了验证。同时对delta和omicron的挑战的最低抗体给药剂量(5-1.25 mg/kg体重)也进行了评估。当给与20 mg/kg F61和F61/H121时,所有攻毒组均有充分的预防保护作用,相应小鼠肺病毒RNA呈阴性,肺泡间隔和空腔几乎全部正常。此外,低剂量抗体治疗对delta和omicron变异的致命攻击产生了显著的预防性保护,而F61/H121联合治疗对omicron感染表现出良好的效果。 我们的研究结果表明,广谱单克隆中和抗体可用于预防和治疗当前出现的SARS-CoV-2变异株感染。

单剂免疫重组VSV-SARS冠状病毒疫苗可在恒河猴诱导有效免疫

山丹, 汤筱艳, 刘任强, 潘丹, 王喜军, 葛金英, 温志远, 步志高

2022, 37(2): 248 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.002

收稿日期: 2021-02-23 录用日期: 2021-08-04
[摘要] [PDF 2099 KB] ScienceDirect ESM
严重急性呼吸综合征(SARS)是由严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)引起的高致病性动物传染病。自从2002年在中国广东省暴发以来,截止至2003年12月31日,SARS导致8096例感染和774例死亡。尽管自2004年,尚无新的SARS病例报道,但新型冠状病毒暴发,说明SARS-CoV以及其他冠状病毒人际间再次传播的可能。因此,目前仍亟需研发快速反应的SARS疫苗为人群提供保护。
SARS-CoV纤突蛋白(spike, S)可诱导产生中和抗体,是疫苗研发的主要免提抗原。因此,我们构建了表达SARS-CoV S蛋白的重组口炎水泡病毒(VSV),其中S蛋白基因替换VSV本身糖蛋白(glycoprotein,G)。重组病毒VSVΔG-SARS保持了VSV子弹状外形,外源的S蛋白代替自身G蛋白嵌入病毒粒子表面。动物安全性试验表明VSVΔG-SARS以1×106 TCID50剂量免疫小鼠,安全有效。更重要的是,仅一次2×107 TCID50剂量免疫恒河猴可诱导产生高滴度中和抗体和强劲的T细胞免疫反应。因此,上述验数据表明VSVΔG-SARS可作为快速反应的候选疫苗。本研究以构建了以VSV为载体SARS-CoV疫苗,为未来新型冠状病毒疾病暴发,积累经验并提供理论基础。

补骨脂素通过下调病毒转录因子表达抑制乙型肝炎病毒复制

马鑫娜, 李恒, 巩颖, 刘菲菲, 童贤崑, 朱峰华, 杨晓倩, 杨莉, 左建平

2022, 37(2): 256 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.027

收稿日期: 2021-05-30 录用日期: 2021-10-18
[摘要] [PDF 2476 KB] ScienceDirectESM
乙型肝炎病毒(HBV)具有高度传染性,是一个全球性的公共卫生问题。据估计,每年约有2.5亿人患有慢性乙型肝炎病毒感染。尽管核苷类似物能显著降低乙型肝炎发展为更严重肝病的风险,但它们不能完全根除病毒,因此迫切需要针对乙型肝炎的新的治疗方案和药物。补骨脂素是一种具有抑制病毒复制和灭活病毒作用的中药单体。qPCR和southern blot实验显示补骨脂素可以浓度依赖性地抑制HepG2.2.15细胞中的HBV DNA复制。此外,补骨脂素对3TC/ETV双重耐药HBV突变体也具有抑制活性。进一步研究表明补骨脂素能够抑制HBV RNA转录和核心蛋白表达。Co-IP实验显示补骨脂素抑制FOXO1的表达,从而降低FOXO1-PGC1α共激活因子与HBV启动子的结合。FOXO1是已知的PGC1α共激活靶点,与HBV前核心/核心启动子增强子II区域结合并激活HBV RNA转录。我们的研究表明补骨脂素通过下调FOXO1的表达抑制HBV RNA转录,最终导致HBV复制下降。

编码基孔肯雅病毒E2-E1蛋白的mRNA疫苗可诱导强力的中和抗体反应和细胞毒性T细胞免疫反应

葛宁宁, 孙瑾, 刘志华, 束佳熠, 鄢慧民, 寇志华, 魏玉, 金侠

2022, 37(2): 266 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.032

收稿日期: 2021-10-07 录用日期: 2022-01-24
[摘要] [PDF 2431 KB] ScienceDirectESM
伊蚊传播的基孔肯雅病毒(CHIKV)感染可导致人类关节炎。然而,目前还没有可用于临床的针对CHIKV的特定抗病毒药物和有效的许可疫苗。在这里,我们研发了一种编码CHIKV E2-E1抗原的mRNA-LNP疫苗,并将其与S2细胞中表达的可溶性重组蛋白sE2-E1抗原进行了免疫原性比较。结果表明,与铝佐剂混合的重组蛋白抗原在C57BL/6小鼠中引发了强烈的抗原特异性体液免疫反应和较弱的细胞免疫反应。同时,二聚体形式的sE2-E1疫苗刺激的中和抗体水平比单体sE1疫苗和sE2疫苗高12—23倍。重要的是,当通过mRNA-LNP疫苗递送E2-E1基因时,与重组蛋白sE2-E1相比较,不仅诱导了更好的中和抗体反应,而且还产生了更强的细胞免疫反应,尤其是CD8 T细胞反应。而且,E2-E1-mRNA-LNP诱导的CD8 T细胞在体内具有特异性细胞毒作用。鉴于其具有较好的免疫原性和制备方便的特点,我们认为CHIKV E2-E1-LNP mRNA疫苗是未来应该重点关注、具有进一步研发价值的CHIKV疫苗。

纳米氢气泡水:一种对病毒感染斑马鱼模型引起的炎症相关疾病的有效治疗制剂

李陈, 曹逸然, Fukuda Kohei, 郝海红, 彭贵青, 程璨, 叶静

2022, 37(2): 277 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.023

收稿日期: 2021-06-09 录用日期: 2021-10-08
[摘要] [PDF 2642 KB] ScienceDirectESM
氢气的抗炎作用已广为人知,但氢气微溶于水,导致口服富氢水疗法效果不佳。本研究制备了纳米氢气泡水(nano-HW)(约0.7ppm),并以鲤春病毒血症病毒(SVCV)感染斑马鱼为模型研究其对病毒感染诱导炎症的治疗作用。将3月龄的斑马鱼分为nano-HW处理组和养殖用水处理组(对照组)。结果显示,经纳米氢气泡水处理后,SVCV感染斑马鱼的累积死亡率降低了40%,RT-qPCR结果显示SVCV复制也受到了显著抑制。H&E染色结果显示,经纳米氢气泡水处理后,SVCV感染引起的组织损伤明显减轻。此外,纳米氢气泡水处理后,SVCV感染引起的活性氧(ROS)积累显著减少。体内和体外实验证明,纳米氢气泡水处理组的促炎细胞因子IL-1β、IL-8和TNF-α的水平显著降低。综上所述,我们的数据首次证明纳米氢气泡水可以抑制斑马鱼病毒感染引起的炎症反应,为病毒引起的炎症相关疾病提供了一种新的治疗策略。

精液细胞外囊泡介导J亚型禽白血病病毒垂直传播

廖立钦, 陈伟国, 张翔宇, 张焕民, 李爱军, 严一铭, 谢姿, 李鸿鑫, 蔺文成, 马静云, 张新珩, 谢青梅

2022, 37(2): 284 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.026

收稿日期: 2021-06-16 录用日期: 2021-12-27
[摘要] [PDF 2238 KB] ScienceDirectESM
J亚型禽白血病病毒(ALV-J)属于致瘤性的逆转录病毒,对全世界的养禽业造成严重的影响。垂直传播是J亚型禽白血病病毒的主要传染途径。大量研究表明,来源于病毒感染的细胞或者体液的细胞外囊泡可作为病毒传播的载体。然而,关于细胞外囊泡在J亚型禽白血病病毒感染中的作用尚未阐明。在本研究中,从ALV-J感染的鸡精液中分离纯化了细胞外囊泡(SE-ALV-J),通过转录组测序、反转录定量PCR和蛋白免疫印迹证明其包含了ALV-J病毒的基因组RNA和病毒蛋白;并证明SE-ALV-J能够感染宿主细胞。更重要的是,通过人工授精的方法,展示了SE-ALV-J可以感染成年母鸡进而介导ALV-J感染后代的垂直传播。总的来说,我们的结果揭示了J亚型禽白血病病毒可利用宿主精液的细胞外囊泡作为垂直传播的新的传播途径,加深了对J亚型禽白血病病毒传播机制的理解。
Letter

重组人干扰素α1b对新型冠状病毒的抑制作用优于α2b

史丹蓉, 陈科达, 卢翔云, 程林芳, 翁天豪, 刘福民, 吴南屏, 李兰娟, 姚航平

2022, 37(2): 295 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.031

收稿日期: 2021-02-20 录用日期: 2022-01-21
[摘要] [PDF 1288 KB] ScienceDirectESM
在新型冠状病毒肺炎疫情的蔓延下,我们迫切需要寻找一种有效抗病毒药物来遏制疫情。迄今为止,对新冠肺炎的治疗还缺乏十分有效的药物。本文报道了重组人干扰素α1b对新冠病毒的体外抑制作用。本研究在细胞模型非洲绿猴肾细胞Vero和人肺腺癌细胞Calu-3上用CCK-8法检测重组人干扰素α1b和α2b的剂量毒性效应,进而采用逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)、半数组织培养感染剂量(TCID50)法和免疫荧光等方法评估重组人干扰素α1b和α2b的抗新冠病毒活性。结果显示,重组人干扰素α1b在检测浓度范围内对Vero细胞和Calu-3细胞均没有细胞毒性(CC50>25000 IU/mL),且在这两种细胞模型中,均表现出显著的抗新冠病毒作用(在Vero细胞中:EC50=0.12 IU/mL;在Calu-3细胞中:EC50=0.52 IU/mL),优于重组人干扰素α2b(在Vero细胞中:EC50=0.25 IU/mL;在Calu-3细胞中:EC50=2.48 IU/mL)。本研究显示重组人干扰素α1b对新型冠状病毒具有良好的体外抑制作用,是临床治疗新冠肺炎的潜在药物。

新冠病毒Delta变异株感染恒河猴及其病理变化研究

高歌, 胡雪, 周亦武, 饶具红, 彭云, 刘鲲鹏, 姚艳丰, 张小宇, 赵家玄, 梁梦莹, 刘航, 邓菲, 夏菡, 单超, 袁志明

2022, 37(2): 299 doi: 10.1016/j.virs.2022.02.001

收稿日期: 2021-12-03 录用日期: 2022-01-24
[摘要] [PDF 2072 KB] ScienceDirectESM
新冠病毒Delta变异株(B.1.167.2)已成为全球主要的新冠流行株,并被世界卫生组织列为被关注的变异株。本研究利用恒河猴模型,评估了Delta变异株对恒河猴的感染性和致病性,并与2019年底从武汉病人中分离获得的新冠分离株感染恒河猴的情况进行了比较分析。研究结果表明Delta变异株与2019年底武汉分离株的排毒模式、RNA载量和疾病严重程度没有显著性差异;但即使用比2019年底武汉分离株更低的感染剂量,Delta变异株能达到病毒复制峰值所需的时间更短,这一结果为Delta变异株在人群中快速传播的现象提供了数据支持。

猪δ冠状病毒核衣壳蛋白两个新的B细胞表位的鉴定

任豪杰, 闫晓光, 刘林涛, 张艺璇, 李倩倩, 李秀梅, 胡慧

2022, 37(2): 303 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.025

收稿日期: 2021-05-26 录用日期: 2022-01-14
[摘要] [PDF 1967 KB] ScienceDirectESM
猪δ冠状病毒(PDCoV)是一种新发现的猪肠道冠状病毒,可引起猪尤其是新生仔猪腹泻和脱水。PDCoV核衣壳(N)蛋白是病毒颗粒中最丰富的蛋白质,在病毒生命周期的几个阶段中起着至关重要的作用。它可以使机体在PDCoV感染的早期产生高水平的抗体。然而,PDCoV N蛋白上抗原表位的特性仍然是未知的。本研究从重组PDCoV N蛋白免疫小鼠获得两种单克隆抗体6B7和7F8。免疫印迹试验和间接免疫荧光检测证实,两株单抗仅能识别PDCoV,与传染性胃肠炎病毒和猪流行性腹泻病毒无交叉反应。利用PDCoV N蛋白中一系列原核表达的肽段对单克隆抗体6B7和7F8进行了表位定位。PDCoV N蛋白的326-333氨基酸残基和251-276氨基酸残基分别是单克隆抗体6B7和7F8的最小抗原表位。3D结构模型显示Mab 6B7识别N蛋白的线性表位,而7F8可能识别N蛋白表面的构象表位。这些结果表明,PDCoV N蛋白的两个新表位可能具有抗原结构和功能特性,本研究生成的单克隆抗体可用于研究PDCoV N蛋白的功能和病毒感染机制。

一株新型长爪沙鼠丙型肝炎病毒的鉴定

安翠红, 李娟, 王一婷, 聂守民, 常文辉, 周宏, 徐琳, 孙养信, 史卫峰, 李辞修

2022, 37(2): 307 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.016

收稿日期: 2021-07-28 录用日期: 2021-10-10
[摘要] [PDF 1356 KB] ScienceDirectESM
丙型肝炎病毒属的成员在大量的宿主中发现。长爪沙鼠(Meriones unguiculatus)是鼠科的小型啮齿动物,广泛分布于中国北方、蒙古和俄罗斯的荒漠草原地区。迄今为止,野生长爪沙鼠中丙型肝炎病毒的报道甚少。利用宏转录组测序技术,在陕西省定边县的长爪沙鼠中发现了一种新的丙型肝炎病毒,命名为Gerbil heapcivirus (GeHV)。该病毒接近全长基因组为9107nt,具有典型的丙型肝炎病毒基因组结构:一条编码长度为2826氨基酸多聚蛋白的正链RNA基因组,其中包含10个预测基因。GeHV的多聚蛋白与之前报道的一株啮齿类丙型肝炎病毒的氨基酸同源性最高,为64.01%。基于NS3和NS5B氨基酸序列的系统发育分析显示,GeHV与丙型肝炎病毒E和F关系最为密切。总之,我们证明了一株新型长爪沙鼠丙型肝炎病毒的存在,强调了丙型肝炎病毒在啮齿类动物中的多样性及其增加的宿主范围。

马里亚纳海沟沉积物中一株新型线状质粒噬菌体的分离与鉴定

郝亚丽, 王思远, 张慕杰, 唐晴雪, 蒙灿兴, 王丽萍, 范启连, 严亚贤, 肖湘, 蹇华哗

2022, 37(2): 311 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.022

收稿日期: 2021-06-23 录用日期: 2021-10-20
[摘要] [PDF 835 KB] ScienceDirectESM
病毒是自然环境中丰度及多样性最高的生物类群,在深海生物圈的物质能量循环和种群平衡调节方面发挥着重要作用。深渊作为深海生态系统的重要组成部分,但目前从中分离的可培养噬菌体却极少。本研究从马里亚纳海沟8636米水深的沉积物中分离到一株Halomonas属的细菌MT08-1。通过丝裂霉素诱导,分离纯化得到一株线状质粒噬菌体HMP1。电镜形态观察显示,HMP1有一个直径约56 nm的多边形头部及长约181 nm的鞘状尾部,属于肌尾噬菌体科(Myoviridae)。限制性酶切片段多态性分析表明该噬菌体的遗传物质类型为双链DNA。测序结果显示,其基因组大小为38130 bp,G+C含量为59.7%。系统进化树构建表明HMP1与来自海洋表层的ΦHAP-1亲缘关系较近,并与3株海洋来源的线状质粒噬菌体位于同一进化分支。本研究结果填补了目前深渊沉积物来源的可培养噬菌体的空白,为今后极端深渊环境中噬菌体及其宿主的研究提供了材料。

EV71 3C在感染过程中对宿主组蛋白H3进行N末端切割

苗蒙, 邓港, 熊晓蓓, 邱洋, 黄文达, 袁梦, 俞飞, 白世梅, 周溪, 赵晓璐

2022, 37(2): 314 doi: 10.1016/j.virs.2022.02.006

收稿日期: 2021-03-25 录用日期: 2022-02-16
[摘要] [PDF 1022 KB] ScienceDirectESM
3C蛋白酶是小核糖核酸病毒的重要组成部分,能够在病毒感染时劫持宿主细胞的翻译机器并蛋白酶解多种宿主因子进而帮助病毒复制。我们研究发现,肠道病毒71的3C蛋白酶在病毒感染时可以进入宿主细胞核,并在核内对宿主组蛋白H3进行N末端切割。我们的研究表明EV71感染能够改变宿主组蛋白,有可能是一种病毒调控宿主基因表达的新机制,将对病毒本身的复制以及宿主细胞产生全面影响。
Perspective

Congenital cytomegalovirus infection and advances in murine models of neuropathogenesis

Najealicka Armstrong, Qiyi Tang

2022, 37(2): 318 doi: 10.1016/j.virs.2022.04.007

收稿日期: 2022-02-11 录用日期: 2022-03-23
[摘要] [PDF 552 KB] ScienceDirect
Highlights
· Congenital human cytomegalovirus (CMV) infection causes severe neuropathogenesis.
· Murine CMV failed to break through the placental barrier to transmit to fetus.
· Zhou et al. established a novel mouse system to model congenital HCMV infection.
· The mouse CMV system by Zhou et al can be used for drug screening.